Nguyên nhân xuất phát từ phía doanh nghiệp chính là sự đánh giá thấp về tầm quan trọng của công tác phân tích tài chính. Việc phân tích tài chính không được chỉ đạo tiến hành một cách thường xuyên mà chỉ thực hiện khi cần thiết, do đó ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng công tác phân tích tài chính của công ty.
Sự hạn chế về mặt trình độ chuyên môn và phương pháp phân tích là một nguyên nhân không nhỏ dẫn đến hiệu quả của quá trình phân tích không cao. Hơn nữa công việc phân tích tài chính chỉ dừng lại ở việc phản ánh thực trạng tài chính chứ chưa quan tâm đến phân tích đánh giá các rủi ro mà doanh nghiệp sẽ có thể phải đối mặt, phân tích định giá doanh nghiệp trong khi đây là những nội dung rất quan trọng cho bất cứ doanh nghiệp nào, đặc biệt là khi khủng hoảng tài chính đang lan rộng với quy mô lớn trên toàn cầu. Các thông tin được công ty sử dụng để phân tích là các thông tin quá khứ, những sự thay đổi của các khoản mục trên bảng CĐKT trong quá khứ để đưa ra các dự báo tài chính trong tương lai. Có thể nói, những dự báo này được dựa trên kết quả hoạt động của công ty trong quá khứ nhưng không có nghĩa là các dự báo này luôn đúng và tương lai của công ty được đảm bảo bởi những điều chỉnh kịp thời trong hiện tại. Sự khác nhau trong phương pháp khấu hao tài sản cố định, phương pháp tính giá hàng tồn kho khiến cho việc so sánh các chỉ tiêu tài chính với các doanh nghiệp có quy mô tương tự trong ngành cũng không cho những kết quả chính xác. Hơn nữa, các kết quả phân tích tài chính chỉ là đánh giá chung về thực trạng tài chính chứ không đưa ra
những kết luận về nghiên cứu lỗ, lãi của từng nhóm sản phẩm nên việc ứng dụng các quyết định tài chính sau khi phân tích không phát huy hết hiệu quả.