Luật thuế GTGT ra đời đã đánh dấu một bước ngoặt lớn trong việc cải cách cơ chế quản lý kinh tế tài chính đặc biệt là chính sách thuế của Nhà nước. Sau hơn 4 năm thực hiện, luật thuế GTGT đã góp phần to lớn vào sự phát triển kinh tế của đất nước: khuyến khích đầu tư nước ngoài, mở rộng khuyến khích và phát triển xuất khẩu thúc đẩy phát triển sản xuất kinh doanh, tạo nguồn thu ổn định và ngày càng tăng của NSNN. Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đạt được trong quá trình thực hiện đã phát sinh nhiều vướng mắc làm giảm hiệu ứng tích cực của thuế GTGT. Các doanh nghiệp đã lợi dụng kẻ hở trong luật thuế để chiếm đoạt tiền của Nhà nước lên tới con số hàng tỷ đồng với hơn 170 bộ hồ sơ hoàn thuế khống. Công tác quản lý thu gặp không ít những khó khăn. Vậy những nhân tố ảnh hưởng đến công tác quản lý thuế GTGT đối với loại hình DN này là:
Thứ nhất là hệ thống chính sách, các văn bản thiếu tính đồng bộ, thống nhất. Ban hành quá nhiều văn bản thi hành luật nhưng lại chưa sát thực tế, còn sơ hở, chưa lường hết các phát sinh có thể xảy ra khi thực hiện đã gây khó khăn cho cán bộ quản lý cũng như các đối tượng nộp thuế.
Thứ hai xuất phát từ thực trạng phát triển kinh tế nước ta, những năm gần đây đã có những bước tiến đáng kể, nhưng vẫn là nước nghèo nàn, lạc hậu, quan hệ thanh toán chủ yếu bằng tiền mặt, trình độ dân trí còn thấp, do đó việc tiếp thu các luật thuế mới hạn chế, người dân chưa có thói quen lấy hóa đơn khi mua hàng trong khi hóa đơn chứng từ là một trong những điều kiện tiên quyết thực hiện thành công sắc thuế này.
Thứ ba là từ trình độ quản lý thu thuế GTGT của các cán bộ còn thấp thậm chí có những cán bộ thuế chưa biết đọc quyết toán thuế của doanh nghiệp, chưa biết tính khấu hao, chưa biết tính tiền lương lỗ, lãi... Việc phân bố trình độ của cán bộ thuế chưa đồng bộ trong cả nước.
Thứ tư là các cơ sở kinh doanh chưa có ý thức chấp hành pháp luật nói chung và tính tự giác trong kê khai nộp thuế. Họ luôn quan niệm rằng đóng thuế cho Nhà
nước là moi tiền túi ra để nộp, là khoản làm tăng chi phí, giảm lợi nhuận, do đó họ tìm mọi cách để trốn, tránh thuế kiếm lợi.
Thứ năm xuất phát từ đặc điểm của các DNNQD là quy mô vốn và lao động nhỏ, kinh doanh mang tính thời vụ, nhỏ lẻ khó kiểm tra đã gây khó khăn cho các cán bộ thuế trong công tác quản lý thu.
Tóm lại, thuế GTGT chỉ có thể được quản lý một cách chặt chẽ khi các nhân tố trên được điều chỉnh theo hướng hoàn thiện hơn.