Hiện đại hoá công nghệ sau thu hoạch như phơi sấy, bảo quản, vận chuyển, chế biến nông, lâm, thuỷ sản theo hướng đồng bộ. Tổ chức lại mạng lưới thu gom nông sản hàng hoá theo chương trình liên kết 4 nhà, trong đó chủ yếu là nhà nông và doanh nghiệp với sự tham gia của nhà khoa học. Nâng cấp hệ thống kết cấu hạ tầng nông thôn, nhất là điện, đường giao thông ở các vùng sản xuất nông sản hàng hoá lớn, chất lượng cao với nguồn vốn của Nhà nước và nguồn lực của các thành phần kinh tế, hộ nông dân phù hợp với lộ trình gia nhập WTO và điều kiện Việt Nam. Thu hút mạnh các dự án FDI vào sản xuất và chế biến nông, lâm, thuỷ sản bằng các cơ chế, chính sách hấp dẫn.
2.2. Những trở ngại về xuất khẩu hàng nông sản của Việt Nam sau một năm vào WTO WTO
Khi Việt Nam hòa nhập sâu rộng vào nền kinh tế thế giới thì việc xuất khẩu hàng nông sản sẽ không giản đơn như lâu nay chúng ta vẫn làm.
Việc Việt Nam phải cạnh tranh với các sản phẩm nông nghiệp của các nước thành viên của WTO cả ở thị trường trong và ngoài nước là điều hiển nhiên. Sản xuất nông nghiệp vẫn lạc hậu, năng suất, chất lượng sản phẩm thấp, chi phí cao và nhất là sự yếu kém của ngành công nghiệp chế biến sẽ là những thách thức rất lớn của nông sản Việt Nam.
Đối với WTO, các cam kết sẽ bao trùm tất cả các lĩnh vực về thuế, phi thuế, hỗ trợ trong nước, trợ cấp xuất khẩu, thương mại Nhà nước...Với xu thế hiện nay, để được hưởng quy chế Tối huệ quốc (MFN) của các nước thành viên WTO, các nước mới gia nhập phải cam kết ở mức độ cao hơn nhiều so với các nước cũ. Theo cam kết gia nhập WTO, mức thuế nông nghiệp bình quân của Việt Nam sẽ là 21% và lộ trình cắt giảm từ 3 - 7 năm (tùy từng nhóm hàng). Điều đáng chú ý là trong quá trình sản xuất, sản phẩm nông nghiệp Việt Nam phải có chứng chỉ an toàn để chứng minh mặt hàng này luôn đảm bảo an toàn vệ sinh, chẳng hạn như chứng chỉ xác định nguồn gốc giống (chứng chỉ xác nhận giống không thuộc loại cây biến đổi gen), chứng chỉ báo cáo chất lượng (hàm lượng protein, chống oxy hóa...).
Đối với AFTA, đến nay, 6 nước ASEAN cũ đã hoàn thành 3 chương trình cắt giảm thuế quan. Về mặt lý thuyết, các doanh nghiệp Việt Nam có thể xuất khẩu hàng nông sản sang các nước này như bán ở trong nước. Tuy nhiên, do cơ cấu nông nghiệp của các nước ASEAN tương đối giống nhau, một số mặt hàng có khối lượng buôn bán nội khối lớn thì hầu hết được các nước đưa vào danh mục nhạy cảm, hoặc nhạy cảm cao như: gạo, đường, cà phê...Theo nhận định của các chuyên gia thì phải sau năm 2010, AFTA mới thực sự mang lại lợi ích cho hàng nông sản xuất khẩu của Việt Nam.
Đối với khu vực Mậu dịch Tự do ASEAN - Trung Quốc, hàng nông sản của Việt Nam sẽ phải cạnh tranh gay gắt với hàng cùng loại của các nước trong ASEAN cùng xuất khẩu sang Trung Quốc. Như vậy, lợi thế sẽ nghiêng về phía các nước như Thái Lan, Singapor, Malaixia nhiều hơn. Vì đây là những nước có trình độ phát triển công nghiệp chế biến nông sản và thực phẩm tốt hơn Việt Nam, cụ thể là các mặt hàng như: Đường, rau quả chế biến, dầu thực vật...Mặt khác, để bảo vệ sản xuất trong nước, Trung Quốc đã áp dụng thuế nhập khẩu một số mặt hàng nông sản rất cao như: gạo 71%, rau tươi 13%, hoa quả tươi 24 - 36%, đường 65%, chè 21%... nên đã hạn chế tốc độ tăng trưởng hàng nông sản xuất khẩu của Việt Nam sang thị trường Trung Quốc.
Đối với Hiệp định Thương mại Việt - Mỹ, các chuyên gia cho rằng, những mặt hàng có khả năng tăng xuất khẩu sang Mỹ như rau quả sẽ bị hạn chế bởi sự cồng kềnh, khoảng cách giữa hai nước quá xa, yêu cầu vệ chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm cao. Hơn nữa, mới đây Mỹ ban hành quy định về chống khủng bố sinh học, yêu cầu phải kê khai thông tin liên quan đến cơ sở sản xuất, xuất khẩu hàng hóa sang Mỹ, thông báo trước khi hàng nhập cảng...Chắc chắn sẽ làm tăng chi phí xuất khẩu, giảm khả năng cạnh tranh đối với hàng nông sản của Việt Nam.
Đây thực sự là một trở ngại cho các nhà sản xuất, xuất khẩu hàng nông sản Việt Nam. Bởi, cách làm, cách tiếp cận thị trường nước ngoài của hàng nông sản Việt Nam từ trước đến nay vẫn theo kiểu truyền thống là chủ yếu, chưa có được những quy trình kiểm định nghiêm ngặt. Tuy nhiên, xét trên bình diện bền vững thì chính những thách thức hôm nay, là cơ hội cho Việt Nam khẳng định mình trong tương lai. Những người có trách nhiệm liên quan đến việc sản xuất, chế biến cũng như xuất khẩu ngành hàng này sẽ phải vận hành công việc của mình bằng tư duy của thời hội nhập.
Theo đánh giá của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, thị trường xuất khẩu nông sản của Việt Nam trong những năm qua đã được mở rộng đáng kể. Ngoài các thị trường truyền thống như Trung Quốc, ASEAN, Nga, các nước Đông Âu, hàng hóa nông sản Việt Nam bước đầu đã thâm nhập vào những thị trường đầy tiềm năng và cũng rất khó tính như EU, Mỹ... Các chuyên gia kinh tế nhận định, nếu biết “nuôi dưỡng” thị trường truyền thống và “đột phá vùng đất mới” bằng việc khẳng định thương hiệu, thì xuất khẩu nông sản của Việt Nam sẽ gặt hái được những thành công đáng kể.
Dự báo, trong những năm tới, các thị trường nhập khẩu nông sản của Việt Nam đều có khả năng tăng kim ngạch nhập khẩu. Theo đó, đối với thị trường Trung Quốc, kim ngạch xuất khẩu nông sản của Việt Nam sẽ tăng từ 400 - 500 triệu USD/năm hiện nay lên 700 - 800 triệu USD/năm, gồm các mặt hàng chủ yếu là cao su, hạt điều, tinh bột sắn. Đối với thị trường Mỹ, hiện nay, kim ngạch xuất khẩu hàng nông, lâm sản của chúng ta mới chiếm khoảng 0,4 -0,5% tổng kim ngạch nhập khẩu nông, lâm sản của nước này. Đây thực sự là một con số khiêm tốn so với tiềm năng hiện có của ngành nông sản Việt Nam cũng như nhu cầu nhập khẩu của thị trường Mỹ.
Theo dự báo, Hiệp định AFTA sẽ tạo cơ hội để nước ta xuất khẩu cà phê, vật tư, thiết bị phục vụ công nghiệp chế biến sang khu vực này.
Hội nhập kinh tế quốc tế là cả một quá trình lâu dài, ở đó cơ hội và thách thức luôn song hành với nhau. Không có con đường nào khác, nếu muốn thâm nhập thị trường quốc tế, hàng nông sản Việt Nam phải khẳng định được khả năng cạnh tranh của mình. Trách nhiệm đó không chỉ phó thác cho những nhà sản xuất, nhà chế biến, mà còn cả những cơ quan hoạch định chiến lược quốc gia.