Bên cạnh những kết quả đã đạt đợc trong việc huy động vốn, chi nhánh NHCT Hoàn Kiếm vẫn còn một số hạn chế, cần phải vợt qua:
Trong cơ cấu tiền gửi của NHCT Hoàn Kiếm, tỷ lệ tiền gửi dân c còn thấp. Năm 2001, chỉ đạt 620.345 triệu đồng, chiếm 14,43% tổng nguồn vốn huy động, năm 2002 đạt 728.088 triệu đồng chiếm 14,38% tổng nguồn vốn huy động. Tiền gửi dân c có độ ổn định cao và là nguồn chính để tiến hành hoạt động cho vay. Do vậy trong các năm tiếp theo, chi nhánh cần chú ý khai thác nguồn này, đặc biệt là việc phát hành kỳ phiếu ngân hàng.
Hiện nay trong vấn đề huy động vốn, chi nhánh phải chịu ràng buộc bởi những quy định của NHCT Việt Nam. Đặc biệt là vấn đề lãi suất. NHCT Hoàn Kiếm không đợc tự đa ra lãi suất mà phải phụ thuộc vào NHCT Việt Nam, do đó làm giảm tính cạnh tranh. Vấn đề đặt ra là phải tăng tính tự chủ, có nghĩa là giám đốc tại các chi nhánh đợc quyền ra quyết định phần nào về lãi suất huy động, lãi
suất cho vay. Đồng thời do vốn tự có của NHCT Việt Nam thấp và do quy định Ngân hàng chỉ đợc huy động tối đa bằng 20 lần vốn tự có nên cũng ảnh hởng tới quy mô huy động vốn của chi nhánh Hoàn Kiếm.
Tuy đã tăng cờng các hình thức huy động song vẫn cón có một số bất cập, cha đạt hiệu quả nh mong muốn. Cụ thể là việc phát hành KPMĐ. Hiện nay chỉ có kỳ phiếu bằng VND là trở nên thông dụng còn kỳ phiếu bằng USD do nhiều yếu tố, cha đợc khách hàng hoan nghênh. Nh năm 2002, phát hành kỳ phiếu bằng VND thu đợc 102 tỷ còn kỳ phiếu bằng USD thì không đợc. Điều này phản ánh ngời dân vẫn cha tin tởng hoàn toàn ở ngân hàng. Họ vẫn còn e ngại khi mua kỳ phiếu bằng ngoại tệ. Ngoài ra còn có một bộ phần lớn ngời dân còn cha biết đến kỳ phiếu, cha biết đợc cách thức mua bán, trao đổi ra sao. Vậy nên chăng, chi nhánh cần nghiên cứu, xem xét và có những cải tiến cho phù hợp.
Một khó khăn chung của cả hệ thống Ngân hàng nớc ta là việc thanh toán không dùng tiền mặt còn ít. Các dịch vụ thanh toán nh: thẻ thanh toán, thẻ rút tiền (ATM)… cha trở nên phổ biến cũng làm giảm nguồn tiền ký gửi vào ngân hàng. Không chỉ vậy các dịch vụ ngân hàng dù đang ngày càng đợc mở rộng và nâng cao về chất lợng song phí thu từ dịch vụ ngân hàng còn thấp, cha xứng với tiềm năng của ngân hàng. Ngân hàng cần nghiên cứu hoàn thiện thêm. Ngoài ra đội ngũ nhân viên ngân hàng dù đa số có trình độ chuyên môn cao, song đâu đó vẫn còn những hiện tợng: thờ ơ, coi thờng khách hàng…Điều đó là không thể đợc ở một ngân hàng khi bớc vào hội nhập và mở cửa.