- Việc phân bổ dự toán tính theo đầu người dân mặc dù đã là phương pháp tối ưu trong nhiều phương pháp song vẫn chưa thực sự đảm bảo sự công nhân là do không phải tại địa phương nào nhu cầu chi y tế cũng tỷ lệ thuận với đầu dân. Có những địa phương do điều kiện khí hậu địa lý khác nhau nên mức độ mắc phải bệnh tật cũng khác nhau. Còn có những địa phương mặc dù ít dân cư nhưng lại dễ bị mắc bệnh thì s ẽ bị thiệt hơn so với những vùng đông dân nhưng ít bệnh.
- Định mức phân bổ mặc dù đã có sự phân biệt giữa các vùng, ưu tiên cho những nơi có nhiều khó khăn nhưng vẫn còn thấp. NSNN dành cho những vùng sâu vùng xa, hải đảo vẫn chưa đủ để vực dậy nền y tế nghèo nàn, lạc hậu ở đây nên vẫn còn tồn tại sự chênh lệch lớn về mạng lưới y tế giữa các vùng.
- Quy trình phân bổ và cấp phát ngân sách sự nghiệp y tế còn rất nhiều thủ tục, luân chuyển qua nhiều công đoạn, quá nhiều cấp quản lý, quá nhiều khâu kiểm tra giám sát, nhiều công việc còn bị trùn lắp.... đã làm ảnh hưởng đến sự luân chuyển của kinh phí ngân sách và tính kịp thời trong việc sử dụng kinh phí ở đơn vị. Quyy trình này cũng hạn chế tính chủ động trong sử dụng kinh phí ngân sách đồng thời không phát huy được tính tự chịu trách nhiệm trong quyết định chi tiêu của đơn vị trong việc sử dụng NSNN.
- Việc quy định cơ quan tài chính phải duyệt quyết toán của đơn vị sử dụng ngân sách là không phù hợp với khả năng của cơ quan tài chính. Vì theo quy định
sau 1 tháng nhận được báo cáo quyết toán của đơn vị sử dụng ngân sách cơ quan tài chính phải ra thông báo duyệt quyết toán cho đơn vị. Nhưng với số lượng đơn vị sử dụng ngân sách rất lớn, thời gian duyệt quyết toán bị hạn chế, dẫn đến việc chất lượng công tác duyệt quyết toán cho đơn vị. Nhưng với số lượng đơn vị sử dụng ngân sách rất lớn, thời gian duyệt quyết toán bị hạn chế, dẫn đến việc chất lượng công tác duyệt quyết toán không được dảm bảo, công việc này trở nên mang tính thủ tục, hình thức mà kém hiệu quả. Hơn nữa do quy định như vậy nên dẫn đến là cơ quan tài chính trở thành một bên đồng chịu trách nhiệm trong chi tiêu tại đơn vị, dẫn tới ý thức trách nhiệm về quyết định chi tiêu của đơn vị là không cao.
- Việc phân bổ kinh phí chương trình mục tiêu quốc gia cho y tế tại các địa phương còn phân tán, dàn trải, thiếu tập trung, dẫn đến tình trạng nhiều công trình xây dựng dở dang, nhiều công việc không hoàn thành đúng tiến độ. Bộ y tế còn chưa hoàn thiện đầy đủ các công cụ để kiểm soát việc triển khai các chương trình mục tiêu quốc gia khác nhau ở các tỉnh. Đồng thời với việc địa phương được linh hoạt hơn trong sử dụng kinh phí của chương trình mục tiêu quốc gia cho y tế thì lại xảy ra một tiêu cực khác là một số tỉnh không quan tâm, chú ý đầy đủ đến các dịch vụ phòng chống bệnh tật và dịch vụ y tế công cộng. Điều này dẫn đến hậu quả nguồn kinh phí này có thể không được sử dụng đúng mục tiêu quy định, nhà nước không đạt được những chỉ tiêu phòng bệnh, người dân mất cơ hội hưởng thụ những dịch vụ y tế cơ bản, bệnh dịch lan tràn và nghiêm trọng hơn có thể bị thiệt hại lớn về người và tài chính khi bệnh dịch vùng nổ.
- Chính sách khám chữa bệnh cho người nghèo ra đời nhưng việc triển khai còn chậm. Việc thực hiện chính sách khám chữa bệnh không phải trả tiền cho trẻ em dưới 6 tuổi đến nay vẫn còn lúng túng, chưa có đầy đủ những văn bản pháp luật quy định việc thực hiện. Thực tế tỷ lệ người nghèo ở nước ta đông, lại là đối tượng nhạy cảm với môi trường, dễ mắc bệnh. Còn nhiều người nghèo khi có bệnh vẫn tự
chữa, thậm chí một số còn không chữa chạy gì. Nhu cầu khám chữa bệnh của người nghèo rất cao nhưng khả năng nguồn lực còn thấp do đó chỉ có một phần nhu cầu khám, chữa bệnh được đáp ứng. Mạng lưới y tế cơ sở dù đã được quan tâm đầu tư song vẫn còn khá lạc hậu, đặc biệt là nguồn nhân lực còn thiếu nhiều cả về số lượng và chất lượng. Nguồn kinh phí từ NSNN cho y tế còn hạn chế dẫn đến các dịch vụ y tế công cho người nghèo còn thực hiện chưa đồng nhất giữa các bộ, ngành và các địa phương gây khó khăn trong quá trình thực hiện, người nghèo ở các địa phương khác nhau mặc dù cùng một chính sách đãi ngộ nhưng lợi ích nhiều khi lại khác xa nhau rất nhiều gân nên tâm lý thờ ơ ít tin tưởng và quan tâm đến các chính sách của nhà nước. CHính sách khám chữa bệnh chỉ dùng lại ở đối tượng là người nghèo nhưng thực tế ở Việt Nam luôn tiềm ẩn nguy cơ tái nghèo của các đối tượng cận nghèo khi vấp phải cú sốc như nằm viện, phẫu thuật.... đây là một tồn tại làm giảm tính hiệu quả của chính sách này.
- Các nguồn kinh phí chi cho y tế công hiện tại phân bổ không đều giữa các vùng kinh tế xã hội của đất nước, vẫn chưa thực sự hướng về người nghèo.
Kinh tế thị trường đã tạo ra sự phát triển nhanh ở một số vùng có điều kiện kinh tế - xã hội thuận lợi như các thành phố lớn, các khu công nghiệp, trong khi các vùng khác chưa phát triển ngang tầm tạo mức GDP bình quân khá chênh lệch giữa các địa phương. Các tỉnh giàu hơn nhìn chung có nguồn thu ngân sách từ thuế cao hơn mức giao theo kế hoạch và được toàn quyền phân bổ phần tăng thu này cho các ngành trong đó có ngành y tế. Ngoài ra với những địa phương có nguồn thu ngân sách thực tế từ thuế cao hơn mức ước tính và các khoản thu này được chia sẻ giữa cấp trung ương và địa phương thì còn được nhận ngân sách bổ sung dưới hình thức thưởng ngân sách và mọt phần trong số ngân sách bổ sung này có thể được phân bổ cho chi y tế ở địa phương. Do vậy các tỉnh giàu có nguồn tài chính cho y tế lớn, có điều kiện để mua sắm trang thiết bị hiện đại, cải thiện cơo sở vật
chất, nâng cao chất lượng dịch vụ y té. Một nguyên nhân khác là số người có thẻ BHYT chi trả cho các bệnh viện cũng chiếm tỷ lệ cao trong ngân sách điều trị của các địa phương này.
Trong khi đó ở các vùng nông thôn nghèo, vùng núi kinh tế chậm phát triển, nguồn tài chính dành cho y tế chủ yếu là do NSNN cấp. Ngân sách phải tập trung cho lĩnh vực điều tri, không đủ khả năng tài chính để đầu tư cho nâng cấp cơ sởo vật chất, chất lượng khám chữa bệnh hạn chế, nhất là ở tuyến huyện, xã, thong bản. Bửnh nhân chi trả viện phí thấp, tỷ lệ miễn phí cao, số người có thẻ BHYT ít nên nguồn tài chính ngoài ngân sách dành cho y tế ở những khu vực này cũng thấp. Do vậy những địa phương này thường không có ngân sách kết dư để đầu tư cho y tế cộng đồng, cơ sở vật chất kỹ thuật ở đây lạc hậu, chất lượng khám chữa bệnh thấp.
- Chi NSNN cho y tế còn chưa có sự gắn kết chặt chẽ với việc thực hiện các mục tiêu phát triển y tế nên lựa chọn ưu tiên phân bổ và sử dụng NSNN chi cho y tế hiệu quả chưa cao.
- Vẫn còn tồn tại nhiều hạn chế trong việccung cấp dịch vụ khám, chữa bệnh và y tế dự phòng đặc biệt trong viẹc cung cấp những dịch vụ y tế có chất lượng cao do chính các nguyên nhân về cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ của ngành y tế.