Năm 1932, sau khi nhà máy hoá chất Chisso, Nhật Bản đi vào hoạt động thì họ đã dùng luôn vịnh Minamata làm nơi chứa chất thải có chứa thuỷ ngân hữu cơ của nhà máy. Sau nhiều năm tích tụ, môi trờng biển đã bị ô nhiễm nghiêm trọng và đây là vụ ô nhiễm môi trờng công nghiệp lớn nhất ở Nhật Bản trong thế kỷ XX. Hậu quả là làm cho hàng nghìn ngời nhiễm độc thuỷ ngân và hàng trăm ngời khác đến nay vẫn còn ảnh hởng tới sức khoẻ.
Những ngời dân ở đây, trớc đó ăn cá đánh bát trong vịnh đã phát bệnh. Triệu chứng ban đầu thờng gặp là thị lực giảm, nói khó khăn, có các cơn co thắt, những ngời nặng hơn thì bị co giật, bứt rứt, phát điên và cuối cùng là tử vong.
Theo con số thống kê, trên 900 ngời đã bị chết và đến tháng 4/1997 có trên 17.000 ngời đợc xếp vào diện nhà nớc phải cấp giấy chứng nhận "nạn nhân Minamata" và trên 12.000 ngời khác đợc ghi nhận nhiễm độc thuỷ ngân.
Trong nhiều năm, những nạn nhân bị nhiễm độc thuỷ ngân đã đấu tranh đòi bồi thờng thiệt hại. Năm 1973 lần đầu tiên nhà máy Chisso phải bồi thờng một số tiền là 18 triệu yên. Năm 1996 chính phủ Nhật đã chỉ thị cho công ty Chisso phải bồi thờng tiếp 25,8 triệu yên cho 10.353 nạn nhân trớc đây cha đ- ợc công nhận là nạn nhân và cha đợc bồi thờng.
Sau hơn 26 năm duy trì lệnh cấm, đầu năm 1998 chính quyền thành phố chisso mới bãi bỏ lệnh cấm và cho phép hoạt động trở lại các dịch vụ đánh bắt cá tại vùng vịnh Minamata, do tình trạng ô nhiễm thuỷ ngân tại khu vực này đã đợc khắc phục.