Hệ thống các tổ chức trung gian trên TTCK đã hình thành và phát triển nhanh chóng. Tính đến nay, trên thị trường có 55 công ty chứng khoán, tăng mạnh hàng năm, vốn điều lệ bình quân đạt 77 tỉ đồng/công ty. Ngoài ra, còn có sự tham gia của 18 công ty quản lý quỹ, 41 tổ chức tham gia hoạt động lưu ký chứng khoán, 6 ngân hàng lưu ký. Sự ra đời của Luật Chứng khoán (có hiệu lực từ ngày 01-01-2007) đã tạo khung pháp lý cao cho TTCK phát triển góp phần thúc đẩy khả năng hội nhập vào thị trường tài chính quốc tế của TTCK Việt Nam.
Tuy nhiên, quy mô thị trường còn nhỏ, chưa thu hút được sự tham gia tích cực của các ngân hàng thương mại.
Cả cổ phiếu và trái phiếu phát hành chưa có tính chuẩn mực, còn nhiều loại mệnh giá, kỳ hạn...Chỉ một bộ phận nhỏ cổ phiếu, trái phiếu đáp ứng đủ các điều kiện niêm yết và giao dịch tại Trung tâm giao dịch chứng khoán TP HCM và đăng ký giao dịch tại trung tâm giao dịch Chứng khoán Hà Nội, còn lại một lượng lớn đang lưu hành và giao dịch trên thị trường tự do do vậy tính thanh khoản của chứng khoán nói chung là kém.
Đối tượng tham gia thị trường trái phiếu Chính phủ còn ít, chủ yếu là các Ngân hàng thương mại quốc doanh, sự tham gia của các nhà đầu tư nước ngoài còn hạn chế, chưa có các nhà tạo lập thị trường, thiếu các nhà kinh doanh trái phiếu chuyên nghiệp.
Đặc biệt thị trường trái phiếu doanh nghiệp chưa phát triển, do vậy giảm cơ hội đầu tư, cơ hội làm đại lý, bảo lãnh phát hành cho các NHTM.
Chi phí và thời gian giao dịch lớn nên ảnh hưởng không nhỏ tới hoạt động đầu tư chứng khoán của các NHTM, hơn nữa thị trường chứng khoán còn thiếu ổn định nên rủi ro rất cao, ảnh hưởng đến sự phát triển hoạt động đầu tư chứng khoán của NHCT VN nói riêng và các chủ thể khác nói chung.
Thứ tư, hệ thống thông tin chưa phát triển. Hệ thống thông tin nói chung chưa phát
triển và chưa đáp ứng được nhu cầu của sự phát triển hiện nay. Mặc dù hiện tại đang có sự tồn tại và hoạt động của trung tâm thông tin tín dụng thuộc Ngân hàng Nhà nước song hiệu quả hoạt động của trung tâm này còn rất hạn chế, các thông tin cung cấp vừa thiếu vừa không cập nhật, gây nên khó khăn trong việc thu thập thông tin về khách hàng. Đôi khi có quá nhiều luồng thông tin khác nhau về cùng đối tượng dẫn đến thông tin bị nhiễu, khó có thông tin chính xác để đánh giá khách hàng...
Thứ năm, chính sách phát triển thị trường chứng khoán chưa nhất quán. Nhà nước chưa đưa ra được chính sách nhất quán và cụ thể cho sự phát triển của thị trường chứng khoán. Việc phát hành trái phiếu chưa được thực hiện dựa trên các chuẩn mực chung, dẫn dến nhiều trái phiếu không đảm bảo được các điều kiện để đăng ký giao dịch trên các trung tâm giao dịch chứng khoán. Đặc biệt chính sách phát triển thị trường trái phiếu còn nhiều bất cập. Trái phiếu hiện tại vẫn được giao dịch trên cả 2 trung tâm giao dịch thành phố Hồ Chí Minh và Hà Nội. Phí giao dịch áp dụng đối với các trái phiếu niêm yết hoặc đăng ký giao dịch tại các trung tâm giao dịch vẫn còn khá cao, hiện nay là 0,15% doanh số giao dịch. Thời gian thanh toán hiện nay (T+1) là chậm, làm giảm tính thanh khoản của trái phiếu. Chưa có sự phân biệt về phí, thời gian thanh toán, chuyển nhượng đối với các giao dịch repo trái phiếu và với các giao dịch mua bán đứt.