Trong quá trình cho vay đối với các DNVVN NQD, Chi nhánh NHCT Hưng Yên gặp không ít khó khăn từ phía các DNVVN NQD.
Khó khăn đầu tiên mà Ngân hàng gặp phải là do sự hạn chế về trình độ xây dựng dự án của các DN; đây cũng là hạn chế chung của các DNVVN NQD nói chunh trên địa bàn cả nước. Chính do trình độ xây dựng dự án của các DN nên các CBTD mất rất nhiều thời gian để hướng dẫn các DN lập lại dự án, do đó thời gian giải quyết cho vay kéo dài; mặc dùcó thể dự án của DN mang tính khả thi và hiệu quả dự tính cao. Ngoài ra, DN còn chưa thông thạo các thủ tục vay vốn mặc dù CBTD đã phải mất thời gian để giải thích cho DN hiểu rằng phải cung cấp những
tài liệu gì trong hồ sơ vay vốn và quy trình lập hồ sơ vay vốn đã được Ngân hàng niêm yết rõ ràng.
Một nguyên nhân khác khiến cho Ngân hàng còn e ngại khi cho vay đối với các DNVVN NQD đó là do một số DN không muốn cung cấp các thông tin chính xác cho Ngân hàng, các báo cáo tài chính thường được xây dựng nhằm đối phó với cơ quan thuế, mang tính không chính thức nên đã gây không ít khó khăn cho công tác thẩm định của Ngân hàng. Các DN, đặc biệt là các doanh nghiệp tư nhân, công ty hợp danh vẫn luôn ngần ngại cung cấp thông tin tài chính, không thực hiên đúng chế độ thống kê kế toán, hệ thống báo cáo ghi chép và theo dõi hoạt động kinh doanh không có hoặc thiếu, các DN thường bán hàng không có hợp đồng kinh tế, không tuân thủ chế độ phát hành hoá đơn bán hàng, trong khi hoạt động kiểm toán hiện nay còn thiếu và yếu.
Chính những đặc điểm trên đã khiên cho Ngân hàng rất e ngại khi cho vay đối với DNVVN NQD.