M: Thang ADN chuẩ n; P1: Khẩu noong mó (♂); P2: Q5 (♀)
2) Tỷ lệ khuyết dữ liệu
Tỷ lệ khuyết dữ liệu (%) 1 RM13046 2 0 0 2 RM13263 2 9 6,92 3 RM14178 2 0 0 4 RM16284 4 2 1,54 5 RM16408 4 9 6,92 6 RM16474 4 0 0 7 RM16626 4 0 0 8 RM17305 4 6 4,61 9 RM152 8 3 2,31 10 RM22442 8 0 0 11 RM22516 8 2 1,54 12 RM22654 8 3 2,31 13 RM22739 8 1 0,77 14 RM22943 8 11 8,46 15 RM24254 9 0 0 16 RM24309 9 0 0 17 RM24353 9 0 0 18 RM24537 9 1 0,77 19 RM24763 9 1 0,77 20 RM24844 9 7 5,48 21 RM26119 11 0 0 22 RM26227 11 0 0 23 RM26428 11 2 1,54 24 RM26622 11 0 0
64
25 RM27027 11 4 3,08
26 RM27150 11 0 0
65
Kiểm tra sản phẩm PCR, không có chỉ thị nào có tỷ lệ khuyết dữ liệu > 15%. 12 chỉ thị phân tử SSR (chiếm 46,15 %) không bị khuyết số liệu – nghĩa là không có chỉ thị nào không ñược khuếch ñại thông qua phản ứng PCR. Chỉ thị RM 22943 trên nhiễm sắc thể số 8 cho chỉ số tỷ lệ khuyết số liệu cao nhất trong nghiên cứu này, ñạt 8,46 % - tương ứng với 11 mẫu khuyết không ñược khuếch ñại. Các mẫu khuyết ñược thể hiện ở hình 3.9 trên kết quả
phân tích của chỉ thị RM22943, bao gồm mẫu số 38, 40, 42, 55, 61, 75, 84, 87, 101, 125 và 128. Kết quả cho thấy, tỷ lệ khuyết số liệu trung bình của tất cả các chỉ thị ñạt 1,80 %; tỷ lệ khuyết số liệu của từng mẫu qua phản ứng PCR ñạt yêu cầu (< 15 %), chứng tỏ các dữ liệu phân tích ñạt ñộ tin cậy ñể xử
lý thống kê. Tỷ lệ khuyết số liệu ñạt yêu cầu là một trong những ñiều kiện cần
ñể cho phép tiến hành phân tích QTL ñược chính xác.
ðểñánh giá sự phân ly kiểu gen quần thể F2 của tổ hợp lai Khẩu noong mó × Q5, kiểm ñịnh χ2 ñược sử dụng trong nghiên cứu này. Kiểm ñịnh χ2 thường ñược dùng trong việc kiểm ñịnh các giả thiết liên quan ñến tính phù hợp giữa phân phối thực nghiệm với phân phối lý thuyết, nghĩa là kiểm chứng các kết quả thu thập ñược trên mẫu liệu có hoàn toàn phù hợp với những kết quả tương ứng trên lý thuyết hay không. Theo quy luật Menden
ñối với quần thể F2, tỷ lệ phân ly kiểu gen của các chỉ thịñồng trội là 1AA: 2Aa: 1aa, chỉ thị trội là 3A_: 1aa. Như vậy, xét trên quần thể 130 cá thể F2, tỷ lệ lý thuyết sẽ tương ứng 32,5: 65: 32,5 ñối với chỉ thị ñồng trội và 97,5: 32,5 ñối với chỉ thị trội. Quy tắc phân tích dựa theo nguyên lý nếu giá trị χ2 càng gần tới giá trị 0 thì ñộ tin cậy P càng gần tới 1 (tương ñương 100 %), chỉ thị ñược ñánh giá có phân ly chuẩn theo quy luật Menden. Trong nghiên cứu này, mục ñích của việc sử dụng kiểm ñịnh χ2 là ñể xác ñịnh xem 26 chỉ thị SSR có tuân theo ñúng quy luật di truyền của Menden hay
66
không. Số liệu về kiểm ñịnh χ2
của 26 chỉ thịñược trình bày tại bảng 3.7.
Bảng3.7. Kiểm ñịnh χχχχ2với sự phân ly của các chỉ thị SSR trong quần thể F2 (Khẩu noong mó × Q5)
Số lượng kiểu gen trong quần thể F2 Kiểm ñịnh χχχχ2 TT Chỉ thị SSR NST A/A H B/B Tổng (3:1) (1:2:1) P(%) 1 RM13046 2 18 61 51 130 17,25 0,02 2 RM13263 2 16 59 46 121 14,95 0,06 3 RM14178 2 33 68 29 130 0,52 76,99 4 RM16284(*) 4 96 0 32 128 0 100 5 RM16408 4 30 57 34 121 0,67 71,55 6 RM16474(*) 4 94 0 36 130 0,5 47,84 7 RM16626 4 30 64 36 130 0,59 74,65 8 RM17305 4 25 69 30 124 1,95 37,09 9 RM152 8 32 65 30 127 0,13 93,53 10 RM22442 8 43 68 19 130 9,14 1,04 11 RM22516 8 33 60 34 127 0,4 81,81 12 RM22654 8 46 61 20 127 10,84 0,44 13 RM22739 8 44 67 18 129 10,67 0,48 14 RM22943 8 33 70 16 119 8,56 1,38 15 RM24254 9 19 71 40 130 7,89 1,93 16 RM24309 9 24 69 37 130 3,09 21,31 17 RM24353 9 23 67 40 130 4,57 10,18 18 RM24537 9 26 65 38 129 2,24 32,62 19 RM24763 9 33 58 38 129 1,7 42,79 20 RM24844(*) 9 92 0 30 122 0,01 91,67 21 RM26119 11 23 67 40 130 4,57 10,18 22 RM26227 11 23 68 39 130 4,22 12,15 23 RM26428(*) 11 90 0 38 128 1,5 22,07 24 RM26622 4, 11 25 69 36 130 2,35 30,82 25 RM27027 11 32 54 40 126 3,59 16,64 26 RM27150 11 28 66 36 130 1,02 60,19 NST: Nhiễm sắc thể
A, B và H: Kiểu gen tương ứng của Khẩu noong mó, Q5 và dạng dị hợp (3:1), (1:2:1): Kiểm ñịnh χ2 với sự phân ly kiểu gen trội (3:1) và ñồng trội (1:2:1) (3:1), (1:2:1): Kiểm ñịnh χ2 với sự phân ly kiểu gen trội (3:1) và ñồng trội (1:2:1)
67
(*): Chỉ thị trội
Kết quả cho thấy ña số sự phân ly kiểu gen của quần thể F2 với các chỉ
thị phân tử tuân theo ñúng quy luật 3: 1 với chỉ thị trội và quy luật 1: 2: 1 với chỉ thị ñồng trội. Bảy (chiếm tỷ lệ 26,9 %) trên 26 chỉ thị phân tích có hiện tượng phân ly lệch chuẩn (với P < 5 %); trong ñó, 4 chỉ thị (tương
ñương 15,4 %) có hiện tượng phân ly lệch chuẩn với P < 1%. Bảy chỉ thị
này ñều là những chỉ thịñồng trội với 1 alen ñặc thù. Trong số 7 chỉ thị này, 2 chỉ thị nằm trên nhiễm sắc thể số 2 (RM 13046 và RM 13263), 4 chỉ thị
nằm trên nhiễm sắc thể số 8 (RM 22442, RM 22654, RM 22739, RM 22943, RM 24254) và 1 chỉ thị nằm trên nhiễm sắc thể số 9 – RM 24254.
Chỉ thị RM 22442 là một trong số 7 chỉ thị phân tử có hiện tượng phân ly lệch chuẩn. Chỉ thị này nằm trên nhiễm sắc thể số 8, có kích thước khoảng 200 bp, là dạng chỉ thịñồng trội với 1 alen ñặc thù. Chỉ số khuyết dữ liệu của chỉ thị RM 22442 là 0 %, nghĩa là không có mẫu nào bị khuyết. Phân tích dữ
liệu kiểu gen quần thể F2 cho thấy, 43 cá thể F2 có kiểu gen giống P1 – Khẩu noong mó, 19 cá thể F2 có kiểu gen giống P2 – Q5, 68 cá thể F2 có kiểu gen dị
hợp tử (Hình 3.9). Giả thuyết chỉ thị RM 22442 cho kết quả phân ly kiểu gen
ở quần thể F2 tuân theo quy luật ñồng trội 1: 2: 1 ñược ñánh giá thông qua kiểm ñịnh χ2
. Giá trị P thu ñược là 1,04 %, nhỏ hơn 5 % cho thấy chỉ thị này
ñã phân ly không theo quy luật Menden. Kết quả tương tự với 2 chỉ thịñồng trội khác là RM 24254 và RM 22943. Chúng có kết quả P < 5 % tương ứng là 1,93 % và 1,38 %.
Ngoài ra, bốn chỉ thị khác cũng có hiện tượng phân ly lệch chuẩn bao gồm chỉ thị RM 13046, RM 13263, RM 22654 và RM 22739. Các chỉ thị này có giá trị P (%) tương ứng là 0,02; 0,06; 0,44; và 0,48 % ñều nhỏ hơn 1 %, nghĩa là chúng không tuân theo quy luật di truyền ñồng trội 1: 2: 1.
68
Tham khảo với những tài liệu ñã công bố, trong công trình của Liu và cs (2011), 65 chỉ thị SSR cho kết quả ña hình giữa các dòng bố mẹ ñã ñược nhóm tác giả lựa chọn ñể phân tích quần thể F2. Trong ñó, 22 (chiếm 33,8 %) chỉ thị cho sự phân ly lệch chuẩn ở mức ý nghĩa P < 5 %; 15 (chiếm 23,1 %) chỉ thị cho kết quả phân ly lệch chuẩn ở mức ý nghĩa P < 1%, cao hơn so với nghiên cứu này. Trong công trình của Zhao Bing (2006), 49 chỉ thị SSR cho kết quả phân ly lệch chuẩn với mức ý nghĩa P < 5% - chiếm 33,11 %; 25 chỉ
thị SSR cho kết quả phân ly lệch chuẩn với mức ý nghĩa P < 1%, cũng cho kết quả cao hơn so với nghiên cứu này.
Với những kết quả trên, chúng tôi tiếp tục ñánh giá mối tương quan giữa kiểu gen với kiểu hình chịu hạn của quần thể F2. Mục ñích của việc ñánh giá nhằm xác ñịnh các chỉ thị phân tử liên kết với các QTLs liên quan ñến khả