1. Do đặc điểm kinh doanh của khu vực kinh tế NQD
Một là: Khu vực NQD là khu vực kinh tế có số lợng đối tợng kinh doanh rất lớn, quy mô kinh doanh đa số nhỏ, trải rộng trên địa bàn khắp cả nớc: 65% doanh nghiệp và 70% hộ cá thể thuộc khu vực kinh tế NQD hoạt động trên lĩnh vực thơng mại và dịch vụ để kiếm chênh lệch giá, không tạo ra giá trị hàng hoá. Do thiếu vốn để sản xuất và mở rộng sản xuất kinh doanh là phổ biến đối với khu vực này.
Hai là: Trình độ văn hoá, trình độ quản lý, trình độ công nghệ còn thấp so với khu vực kinh tế Nhà nớc và khu vực đầu t nớc ngoài nên cha chịu đi sâu tìm hiểu luật thuế để thực hiện mà còn chông chờ để đợc phổ biến nên khi áp dụng không tránh khỏi lúng túng dẫn đến thực hiện sai luật ngoài ra năng suất lao động và GDP bình quân một lao động tạo ra cũng còn thấp so với hai khu vực kinh tế trên.
Ba là: Khu vực kinh tế NQD có một bộ phận lớn ngời kinh doanh có doanh thu, có thu nhập nhng đối tợng đợc miễn giảm thuế nh: Hộ sản xuất mới thành lập, hộ kinh doanh có thu nhập thấp, đánh bắt hải sản xa bờ, kinh doanh vận tải thô sơ (xe ôm, xe lôi, xe xúc vật kéo). Năm 2000 và năm 2001 số lợng các doanh nghiệp thành lập nhiều, thuộc đối tợng đợc u đãi miễn giảm thuế, ngoài ra còn một bộ phận những ngời làm kinh tế t nhân và vệ tinh tham gia vào các quá trình sản xuất của doanh nghiệp Nhà nớc hoặc doanh nghiệp đầu t nớc ngoài, nghĩa vụ nộp ngân sách đợc tính chung cho khu vực kinh tế Nhà nớc và khu vực đầu t nớc ngoài.
Bốn là :Do khu vực này vẫn còn một số trờng hợp cố tình làm sai nhằm trốn thuế, giảm thuế phải nộp bằng cáng hạch toán sai với qui định.
2. Do quản lý của cơ quan thuế còn yếu kém
Một là: Nhiều địa phơng cha tranh thủ đợc sự lãnh đạo, chỉ đạo của cấp uỷ và chính quyền địa phơng, sự phối hợp của các ngành cha hình thành bộ phận c- ỡng chế, thiếu những biện pháp kiên quyết trong việc xử lý các sai phạm từ phía cơ quan thuế dẫn đến hiệu quả của công tác quản lý còn hạn chế.
Hai là: Nhiều địa phơng cha triển khai nghiêm túc các quy trình và biện pháp nghiệp vụ do ngành thuế đề ra nh quy trình quản lý đối tợng kinh doanh, xác định doanh số đối với hộ khoán; quy trình duyệt bộ tổng hợp.
Ba là: Đối với một số ngành thất thu lớn nh kinh doanh xe máy, vận tải t nhân, kinh doanh khách sạn nhà hàng nhiều địa phơng cha triển khai theo biện pháp chỉ đạo của Tổng cục việc triển khai các biện pháp quản lý không đồng bộ giữa các địa phơng đang bị lợi dụng nên thất thu còn rất lớn.
Bốn là: Trong quản lý doanh nghiệp cha thờng xuyên kiểm tra, giám sát tình hình kinh doanh, chủ yếu để cho doanh nghiệp tự khai báo doanh số kinh doanh, số thuế phải nộp, dẫn đến nhiều cơ sở bán hàng không xuất hoá đơn, lợi dụng lập hoá đơn bán hàng ghi không đúng giá thực tế thanh toán, lập chứng từ khống đầu vào, kê khai xin hoàn thuế không đúng quy định, kê khai kết quả kinh doanh không trung thực để trốn thuế thu nhập.
Năn là: Bố chí công tác quản lý cán bộ cha hợp lý giao một cán bộ thuế quản lý quá nhiều doanh nghiệp, thời gian quản lý lâu sẽ dẫn đến tiêu cực giữa cơ quan thuế và đối tợng nộp thuế.