Tốc độ cụng nghiệp hoỏ và đụ thị hoỏ khỏ nhanh và sự gia tăng dõn số gõy ỏp lực ngày càng nặng nề đối với tài nguyờn nước trong vựng lónh thổ. Mụi trường nước ở nhiều đụ thị, khu cụng nghiệp và làng nghề ngày càng bị ụ nhiễm bởi nước thải, khớ thải và chất thải rắn.
Hiện nay, tài nguyờn nước tại sụng Đà đang cú xu hướng bị ụ nhiễm do cỏc nguồn nước thải từ đầu nguồn và cỏc nguồn nước thải tại cỏc khu cụng nghiệp, cỏc nhà mỏy, bệnh viện, khu dõn cư … xả vào nguồn nước mặt. Mặt khỏc, hiện nay trờn địa bàn tỉnh chưa cú hệ thống quan trắc giỏm sỏt chất lượng do vậy cụng tỏc quản lý tài nguyờn nước trờn sụng Đà gặp nhiều khú khăn.
Ở Hũa Bỡnh, hoạt động khoỏng sản phỏt triển mạnh nhưng quản lý chưa được chặt chẽ, thiếu quy hoạch. Cỏc địa phương chưa cú quy hoạch sử dụng khoỏng sản phự hợp, nạn khai thỏc tràn lan trong thời gian trước cựng với quỏ trỡnh khai thỏc và đổ thải bừa bói gõy ụ nhiễm mụi trường, nhất là mụi trường nước.
Cú nhiều nguyờn nhõn dẫn đến tỡnh trạng ụ nhiễm mụi trường nước trong thời gian tới, như sự gia tăng dõn số, mặt trỏi của quỏ trỡnh cụng nghiệp hoỏ, hiện đại hoỏ, cơ sở hạ tầng yếu kộm, lạc hậu, nhận thức của người dõn về vấn đề mụi trường cũn chưa cao… Đỏng chỳ ý là sự bất cập trong hoạt động quản lý, bảo vệ mụi trường. Cơ chế phõn cụng và phối hợp giữa cỏc cơ quan, cỏc ngành và địa phương chưa đồng bộ, cũn chồng chộo, chưa quy định trỏch nhiệm rừ ràng. Chưa cú chiến lược, quy hoạch khai thỏc, sử dụng và bảo vệ tài nguyờn nước theo lưu vực và cỏc vựng lónh thổ lớn. Chưa cú cỏc quy định hợp lý trong việc đúng gúp tài chớnh để quản lý và bảo vệ mụi trường nước, gõy nờn tỡnh trạng thiếu hụt tài chớnh, thu khụng đủ chi cho bảo vệ mụi trường nước. Nếu những điều này khụng được khắc phục chắc chắn mụi trường nước sẽ cú xu hướng ụ nhiễm nhất là đối với một tỉnh cú địa hỡnh phức tạp khú khăn cho việc thanh tra, kiểm tra và xử lý như Hũa Bỡnh.