Xứ bộ Nam triều đề nghị nhượng cả xứ Bắc kỳ, từ tỉnh Ninh Bình ra bắc cho nước Pháp thuộc địa để lại cho nước Nam từ tỉnh Thanh Hoá cho đến hết tỉnh Bình Thuận tự chủ như cũ. Harmand không nghe buộc Nam Triều phải chấp nhận ký hoà ước.
Điều ước Harmand được ký kết chứng tỏ triều đình không còn sức kháng cự. Hiệp ước là một nỗi đau xót nhục nhã nhất trong các hoà ước thừa nhận sự bảo hộ của Pháp. Sau khi hiệp ước được ký kết triều đình cử Nguyễn Trọng Hợp khâm sai đại thần ra Bắc Kỳ nhận lại các tỉnh, thành, triệt bãi các quan thứ, hiểu dụ nhân dân để thi hành thoả thuận với Pháp.
Trong khi phe chủ hoà sớm kí hoà ước bắt tay với Pháp thì phe chủ chiến vẫn ra sức hoạt động, chuẩn bị lực lượng để chờ ngày sống mái với kẻ thù. Dựa vào quyền lực của mình, Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết kiên quyết phế bỏ và trừ khử những ông vua và những thế lực thân Pháp. Chỉ trong vòng 6 tháng sau khi Tự Đức mất, liên tiếp có 3 ông vua bị phế, lập, đó là các vua Dục Đức, Hiệp Hoà, Kiến Phúc. Những ông vua này đều sớm có tư tưởng thân Pháp làm cản trở phe chủ chiến và phong trào đấu tranh của nhân dân. Đồng thời đệ nhất phụ chính đại thần Trần Tiễn Thành, người đúng đầu phe chủ hoà cũng bị giết.
Lợi dụng sự sơ hở của hiệp ước Harmand (25/8/1883) không có khoản nào nói tới vấn đề quân sự của triều đình, Tôn Thất Thuyết đã cho tuyển mộ binh lính, thành lập và củng cố các sơn phòng. Tại kinh đô, Tôn Thất Thuyết cho tổ chức và đổi mới việc huấn luyện hai đội quân Phấn Nghĩa và Đoàn Kết. Đội quân này do Đề đốc kinh thành Trần Xuân Soạn chỉ huy.
Như vậy, Tôn Thất Thuyết sớm có tinh thần chuẩn bị để sẵn sàng đối phó với thực dân Pháp. Hành động loại bỏ phái chủ hoà của phái chủ chiến đã cho thấy trong nội các Huế
chỉ còn phái chủ chiến cầm quyền và đối lập với Pháp.
Không chỉ dừng lại ở đó, phái chủ chiến còn có những hành động khiến người Pháp tức giận. Ngày 22 tháng 7 năm 1883 vua Dục Đức bị phế, ngày 29 tháng 11 năm 1883 Hồng Dật bị phế, ngày 31 tháng 7 năm 1884, Kiến Phúc bị phế, Ưng Lịch lên ngôi lấy hiệu là Hàm Nghi mà không thông qua người Pháp. Dân gian gọi là sự kiện trên là “Tứ nguyệt tam vương” . Như vậy chỉ trong vòng 4 tháng nước ta đã có 3 ông vua bị phế, chứng tỏ
tình hình chính trị nước ta khá căng thẳng, điều đó đã làm cho tư tưởng của một số quan lại lay động. Bên cạnh những người vì quyền lợi của bản thân, quyền lợi giai cấp mà đi ngược lại truyền thống của dân tộc, đi ngược lại với quản đại quần chúng nhân dân mà có xu hướng thân Pháp, thậm chí còn cầu viện Pháp (Hiệp Hòa) thì cũng có một
số người đã đứng lại trước quyền lợi của nhân dân, tin tưởng vào sự ủng hộ của nhân dân, đại diện như Tôn Thất Thuyết. Rõ ràng lúc này phe chủ chiến đã thắng thế. Tôn Thất thuyết không chỉ cương quyết phế truất các ông vua mới lên ngôi đã có tu tưởng
thân Pháp như Dục Đức, Hiệp Hòa. Như vậy, những hành động của phe chủ chiến lúc này mà Tôn Thất Thuyết là người đại diện có thể khiến cho người khác nghĩ là chuyên quyền. Tuy nhiên nếu nhìn đa diện thì hành động cương quyết của Tôn Thất Thuyết là
đáng nghi nhận, rất hợp lòng dân. Có thể nói đây là sự lên ngôi của phe chủ chiến, chuẩn bị cho một cuộc đấu tranh chống Pháp bằng bạo lực nổ ra.