Ngân hàng chính sách xã hội, quỹ đầu tư và phát triển Việt Nam, các dự án trợ cấp của chính phủ (có thể tự giải ngân hoặc ủy thác giải ngân cho ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn) là những chương trình đi tiên phong trong chính sách lãi suất trợ cấp. Ngân hàng chính sách xã hội được thành lập từ năm 2002 với vốn điều lệ 5000 tỷ đồng, được cấp từ nguồn ngân sách chính phủ là tổ chức lớn nhất hiện nay hoạt động trong lĩnh vực tài chính cho người nghèo. Cùng với việc xây dựng ngân hàng này, chính phủ đang chuyển giao các dự án vì người nghèo và hỗ trợ phát triển về ngân hàng Chính sách xã hội. Tính cho đến cuối năm 2003, Ngân hàng chính sách xã hội cho vay 2.834 triệu hộ nông dân nghèo với tổng số tiền gần 10.349 tỷ đồng. Đến năm 2004, dư nợ cuối năm đã là 14.030 tỷ đồng, tăng 38,2% so với năm 2003, trong đó dư nợ cho vay hộ nghèo và cho vay giải quyết việc làm chiểm tỷ trọng 97%. Trong các chương trình cho vay hiện nay thì cho vay hộ nghèo và giải quyết việc làm, cho vay chương trình nước sạch và vệ sinh môi trường là những chương trình được các cấp chính quyền địa phương và nhân dân nhiệt liệt hưởng ứng do nhu cầu vay lớn. Dư nợ bình quân mỗi hộ nghèo vay vốn là 3,6 triệu đồng. Ngân hàng chính sách xã hội được thành lập với mục tiêu là một công cụ của chính phủ trong công tác xóa đói giảm nghèo, có lẽ vì vậy mà hoạt động của ngân hàng này chịu tác động mạnh từ các quyết định của chính phủ. Lãi suất là một trong những quyết định của chính phủ đối với ngân hàng này. Chính phủ sẽ quyết định tăng lãi suất cho vay của ngân hàng này thông qua các quyết định của ngân hàng trung ương chứ bản thân ngân hàng hoàn tòan không được quyền chủ động trong các quyết định về lãi suất. Chính vì vây, không có gì lạ khi biến động lãi suất cho vay của ngân hàng Chính sách xã hội gần như không đáng kể trong suốt
thời gian dài.
Đối với lãi suất huy động, ngân hàng Chính sách xã hội huy động vôn với lãisuất tương
thương mại. Sở dĩ ngân hàng chính sách huy động vốn theo lãi suất này để đảm bảo tính thu hút các nguồn vốn. Như vậy, ngoại trừ nguồn vốn bao cấp từ nhà nước và các nguồn vốn ủy thác thì các nguồn vốn còn lại của ngân hàng này đều theo lãi suất thì trường (vốn vay từ các tổ chức tín dụng khác, 2% trong tổng số tiền gửi tiết kiệm của 4 ngân hàng thương mại nhà nước, nguồn huy động tiết kiệm từ dân cư). Lãi suất thông thường của những khoản tiết kiệm là 8,5% trong năm 2005 và những khoản vay của các tổ chức tín dụng cùng trong năm này trung bình trên 12%
Đối với lãi suất cho vay, ngân hàng Chính sỏch xã hội luôn thực hiện cho vay với lãi suất rất thấp. Trước tháng 11 năm 2005, lãi suất cho vay của ngân hàng chính sách xã hội giao động trong khoảng 0,35% đến 0,5% một tháng, tùy thuộc vào mục đích và thời hạn của khoản vay. Sau thời điểm này, do có những biến động trên thị trường nên chính phủ quyết định tăng lãi suất cho vay lên mức tối đa là 0,65% một tháng tức là khoảng 8,08% một năm. Mức lãi suất được điều chỉnh thấp dần theo những vùng miền và những đối tượng khó khăn, có những khoản vay với lãi suất giữ nguyên là 0,35% một tháng, tức là 4,28% một năm.
Chỉ nhìn nhận riêng trong năm 2005, ta nhận thấy sự châng lệch lớn giữa lãi suất huy động và lãi suất cho vay của ngân hàng này. Với tổng dư nợ cuối năm 2005 là khoảng 18000 tỷ đồng thì chỉ tính riêng khoản lỗ do lãi suất thấp đã là trên 600 tỷ đồng nếu không tính tới các trường hợp không trả được nợ. Khoản lỗ ày chính là một dấu hỏi lớn cho tính bền vững của ngân hàng Chính sách xã hội. ể đảm bảo hoạt động cho ngân hàng này, hàng năm chính phủ phải bù đắp hững khoản lỗ hàng trăm tỷ. Có nhiều ý kiến cho rằng việc điều hành ngân hàng chính sách xã hội theo hướng này là không mang lại hiệu quả và gây lãnh phí. Về phía các tổ chức tài chính vi mô tham gia vào thị trường Việt Nam thì ngân hàng này với chính sách lãi suất thấp thực sự là một rào cản đối với họ, đẩy họ ra khỏi thị trường. Về phía khách hàng, chính sách lãi suất thấp tạo cho người vay tình cách ỷ lại. Và sự thực cho thấy, trong thời gian qua tỷ lệ hoàn trả các khoản vay của ngân hàng này luôn ở mức rất thấp.