Bên cạnh những ưu điểm, công tác tạo động lực cho người lao động của công ty ACC cũng bộc lộ một số hạn chế sau:
Thứ nhất do công ty ACC là doanh nghiệp nhà nước thuộc loại hình doanh nghiệp kinh tế quốc phòng nên nhìn chung tiền lương ở các bộ phận mang tính chất cào bằng. Do đó, công ty vẫn chưa thu hút được nhiều nhân viên có năng lực giỏi, trình độ cao. Hơn nữa một số nhân viên trẻ có năng lực mới về làm việc cho công ty sau một thời gian cũng đang có những lời phàn nàn vì mức lương của công ty dường như quá ít so với cái mà họ hy vọng có được.
Thứ hai nổi lên vấn đề là: hàng năm người lao động công ty phải làm thêm giờ khá nhiều, công việc căng thẳng và thường xuyên bị đẩy lên cao nhưng công ty không có chính sách trả lương thêm giờ. Hơn thế nữa, hình thức thưởng tiền cho nhân viên vào dịp cuối năm thực chất chỉ là khoản tiết kiệm hàng tháng cho những cống hiến ngoài giờ chứ không mang nhiều tính động viên, khích lệ.
Thứ ba, đối với hình thức trả lương theo thời gian được căn cứ chủ yếu vào số ngày công đi làm của nhân viên, việc chấm công đôi khi chỉ là hình thức chứ
chưa thực sự đánh giá được hiệu quả làm việc của nhân viên. Điều này dẫn đến tình trạng nhiều nhân viên chỉ đi làm đủ số ngày công chứ chưa thật sự nhiệt tình, tích cực trong công việc. Hơn nữa, nếu nhân viên có làm quá số giờ quy định thì cũng không nhận được thêm một khoản tiền nào .
Thứ tư là hiện tại công ty ACC mới chỉ quan tâm tới cách đánh giá nhân viên thông qua hình thức thưởng, ai có thành tích xuất sắc sẽ được thưởng ngay còn hình thức phạt thì bị xem nhẹ, nhân viên nào làm không tốt sẽ chỉ bị công ty nhắc nhở, khiển trách. Mặc dù nhân viên trong công ty không ai muốn mình bị phạt, nhưng nếu có những nhân viên vi phạm kỷ luật hay có sai lầm nào đó mà công ty chỉ nhắc nhở đối với họ thì chắc chắn tần xuất mắc phải sai lầm lần sau của họ sẽ rất lớn. Đặc biệt, khi số lượng nhân viên về làm việc cho công ty ngày càng nhiều thì thực sự phải có một chính sách thưởng phạt nghiêm minh áp dụng cho toàn bộ nhân viên công ty để họ có thể điều chỉnh hành vi của mình theo hướng tốt hơn và đóng góp cho công ty nhiều hơn.
Qua phân tích trên có thể thấy rằng việc sử dụng các công cụ tạo động lực làm việc cho nhân viên trong công ty ACC đang tồn tại những mặt trái gây ra những khó khăn, cản trở đi chệch hướng mong đợi, hy vọng của ban lãnh đạo công ty.