Mặc dù thu được những thành tựu rất quan trọng trong quá trình đổi mới nhưng công tác chi trả trong thời gian qua vẫn còn tồn tại những bất cập mà chủ yếu là từ cơ chế chính sách của Nhà nước, vì vậy mà công tác chi trả gặp nhiều khó khăn và không đảm bảo được nguyên tắc cân bằng thu chi của quỹ BHXH, thậm chí trong một số trường hợp nó còn mất đi tính chất bảo đảm cho cuộc sống của người lao động. Các tồn tại đó là:
Các chế độ BHXH còn có những bất cập.
Chế độ ốm đau: Ốm đau dài ngày đối với một số bệnh thực tế là tàn phế: xuất huyết não, tâm thần...áp dụng chế độ ốm đau dài ngày không có giới hạn về thời gian hưởng, gây khó khăn cho người lao động, người sử dụng lao động và cơ quan BHXH. Người lao động ốm dài ngày lại không có chế độ bảo hiểm y tế vì hưởng trợ cấp ốm đau không quy định đóng bảo hiểm y tế nếu như khám lấy giấy nghỉ ốm hoặc điều trị bệ khác là
một trở ngại. Có người thời gian đóng bảo hiểm dưới 5 năm, hưởng trợ cấp ốm dài ngày nhiều năm, có mức hưởng cao hơn so với người có thời gian đóng bảo hiểm từ 10 đến 15 năm hết tuổi lao động được hưởng trợ cấp hưu 45 đến 55% tiền lương bình quân 5 năm cuối thấp hơn trợ cấp dài ngày. Chế độ này còn có sự bất hợp lý khác là về số ngày được nghỉ ốm hưởng BHXH so với thời gian đóng BHXH. Theo quy định tại điều 7 của NĐ 12/CP thì người lao động được nghỉ tối đa là:
• 30 ngày trong 1 năm, nếu đã đóng BHXH dưới 15 năm • 40 ngày trong 1 năm, nếu đã đóng BHXH từ 15 đến 30 năm • 50 ngày trong 1 năm, nếu đã đóng BHXH trên 30 năm
- Chế độ tai nạn lao động: chế độ này có quy định trợ cấp cho người lao động khi họ bị tai nạn trên tuyến đường đi và về từ nơi ở đến nơi làm việc. Như vậy,trong trường hợp này rất khó xác định được đâu là tuyến đường mà người lao động đi từ nhà đến cơ quan và ngược lại bởi vì trên thực tế rất ít người ngày nào cũng đi một tuyến đường duy nhất từ nhà đến cơ quan
- Chế độ tử tuất:
Có thể vẫn giữ nguyên mức trợ cấp bằng 8 tháng tiền lương tối thiểu cho trợ cấp mai táng phí. Nhưng nên có thêm một khoản trợ cấp nữa, có thể gọi là “trợ cấp lúc qua đời”.