Qua 3 năm hoạt động, ngoài một số kết quả đáng khích lệ trong hoạt động huy động vốn, NHNo & PTNT Hà Nội vẫn còn những hạn chế sau:
Tỷ trọng nguồn vốn mà ngân hàng huy động được trong tổng nguồn huy động của các tổ chức tín dụng trên địa bàn cũng như trong tổng nguồn vốn của Ngân Hàng Nông Nghiệp Việt Nam là rất nhỏ.
Tốc độ tăng trưởng nguồn vốn tuy nhanh nhưng chưa vững chắc. Trong tổng nguồn vốn huy động bằng nội tệ gồm cả tiền gửi và kỳ phiếu thì nguồn vốn từ các TCTD luôn chiếm tỷ trọng cao gần 50%, khi các TCTD mất cân đối vốn sẽ kéo theo sự mất cân đối về nguồn vốn của NHNo & PTNT Hà Nội. Do vậy ngân hàng phải có biện pháp điều chỉnh tích cực cơ cấu nguồn vốn này từ đầu năm 2003.
Nguồn vốn huy động tuy lớn nhưng chưa thực sự mang lại hiệu quả vì trong tổng nguồn vốn huy động được có một phần là tiền gửi của các TCTD có thời hạn huy động ngắn nhưng lãi suất lại quá cao. Cụ thể là vốn của NHCP quốc tế, NHCP Nhà, NHCP Kỹ thương, ngân hàng HAHUBANK..Điều này làm cho chi phí huy động tăng lên, gây khó khăn cho việc đưa ra các chính sách cạnh tranh trong quá trình sử dụng vốn huy động để cho vay hay đầu tư, giảm hiệu quả kinh doanh.
Trong hoạt động huy động vốn, một số cán bộ vẫn chưa coi việc khai thác nguồn vốn trở thành trách nhiệm chung của toàn thể cán bộ công viên chức nên nhiều khi việc khai thác nguồn vốn mới chỉ tập trung vào đồng chí Giám đốc và trưởng phòng kinh doanh, hoặc chỉ có một mình giám đốc chạy vạy nguồn vốn.
Nguồn vốn huy động bằng ngoại tệ có xu hướng tăng qua các năm 2000, 2001, 2002. Kết quả tăng trưởng này tuy tạo cho NHNo & PTNT Hà Nội thế chủ động trong cung ứng tín dụng cho nhập khẩu song cũng tiềm ẩn rủi ro lớn về lãi suất ngoại tệ. Vì nguồn ngoại tệ nếu không sử dụng hết sẽ phải điều chuyển cho TW (mức phí 0,65%). Năm 2001 NHNo & PTNT Hà Nội đã phải gánh chịu rủi ro rất lớn về lãi suất ngoại tệ, hậu quả rủi ro về lãi suất tiền gửi tiết kiệm ngoại tệ còn kéo dài đến hết năm 2002.
Mạng lưới và các hình thức huy động tuy đã phong phú đa dạng nhưng phần lớn vẫn là các hình thức truyền thống, chưa có các dịch vụ trọn gói trong khi tốc độ phát triển nhanh chóng các hoạt động của ngân hàng điện tử, hệ thống thanh toán, rút tiền tự động, dịch vụ ngân hàng tại nhà… không còn quá xa lạ với người dân.
Thủ tục giấy tờ vẫn chưa thực sự đơn giản. Xã hội càng phát triển càng đòi hỏi ngân hàng phải cung ứng các dịch vụ cho khách hàng một cách tốt hơn, đặc biệt là trong quan hệ gửi và lĩnh tiền của người dân. Có thể nói, NHNo & PTNT Hà Nội vẫn chưa thực sự cải tiến nhiều trong quá trình thực hiện quy trình lĩnh tiền và gửi tiền cuả người dân: thủ tục giấy tờ chủ yếu là thủ công (viết tay) hạn chế rất nhiều đến khả năng huy động vốn và đáp ứng những nhu cầu phức tạp đa dạng của nền kinh tế.