a) Ưu điểm: Hệ thống chỉ đạo từ Trung ương xuống địa phương và theo quan hệ phối hợp giữa các Bộ, ngành và các sở, ban của tỉnh đã tạo ra mối liên hệ chặt chẽ, đảm bảo sự thống nhất trong điều hành chương trình.
Để thực hiện Chương trình 134 , các bộ ngành trung ương và các địa phương đã có sự thống nhất và hợp tác từ trên xuống dưới để ban hành các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn thi hành, cũng như chỉ đạo giải quyết các khúc mắc gặp phải trong quá trình thực hiện. Sự phối hợp giữa các cơ quan với nhau đã đảm bảo tính thống nhất và thông suốt cho Chương trình.
Sau khi Quyết định 134 ra đời, thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Ủy ban Dân tộc chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành có liên quan là Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Xây dựng, Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn ban hành thông tư liên tịch số 819/2004 hướng dẫn thực hiện Quyết định 134. Thông tư đã quy định rõ những vấn đề cụ thể về thực hiện chương trình, đồng thời cũng yêu cầu các địa phương thực hiện chế độ báo cáo định kỳ 3 tháng 1 lần, kết thúc năm có báo cáo sơ kết đánh giá gửi về Ủy ban dân tộc và các Bộ, ngành có liên quan. Quy định này cho phép Chính phủ và các bộ, ngành trung ương thực hiện chức năng giám sát, kiểm tra, đánh giá việc thực hiện của các địa phương và kịp thời điều chỉnh khi có sai sót.
Bên cạnh thông tư liên tịch, trong quá trình thực hiện, các bộ ngành đã ban hành rất nhiều văn bản theo chuyên môn của mình để hướng dẫn thực hiện Chương trình như Thông tư 121/2004/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn công tác lập dự toán, quản lý, cấp phát, thanh toán, quyết toán nguồn vốn ngân sách nhà nước thực hiện Quyết định 134; Quyết định số 03/2005/QD-BNN của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành Quy định về khai thác gỗ để hỗ trợ nhà ở cho đồng bào dân tộc thiểu số nghèo, đời sống khó khăn theo Quyết định 134;Công văn số 116/CV-BNN-LN ngày 10/01/2005 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn ban hành Quy định về việc giải quyết gỗ làm nhà theo Quyết định 134…
Cùng với việc ban hành các văn bản hướng dẫn, các Bộ, ngành cũng tổ chức các đoàn đi tới các tỉnh để khảo sát, kiểm tra việc thực hiện của địa phương. Từ đó đã có những đánh giá, góp ý rất có ý nghĩa trong việc thực hiện và nâng cao hiệu quả Chương trình của các địa phương.
b) Nhược điểm:
Công tác chỉ đạo điều hành ở địa phương đôi lúc chưa thật sự sâu sát, giám sát chưa chặt chẽ. Một số địa phương thực hiện không nghiêm túc sự chỉ đạo của Trung ương.
Theo chỉ đạo của Trung ương, Ủy ban nhân dân tỉnh chịu trách nhiệm trực tiếp và toàn diện trong chỉ đạo và tổ chức thực hiện chính sách; tổ chức điều tra, lập và phê duyệt để án, gửi về Trung ương kịp thời để trình Thủ tướng Chính phủ quyết định. Song trên thực tế, công tác xây dựng đề án ở các địa phương nhìn chung là chậm, thông tin ban đầu chưa thực sự chính xác. Công tác điều tra, phân loại hộ đồng bào dân tộc thiểu số nghèo thuộc diện thụ hưởng theo quyết định 134 chưa được hiểu đúng và thống nhất dẫn đến hiện tượng phát sinh thêm một số hộ thụ hưởng chính sách (Sóc Trăng đưa vào diện 134 theo chuẩn nghèo mới, Thanh hòa phát sinh 3.774 hộ, Gia Lai 4.331 hộ). Cá biệt có tỉnh căn cứ theo nguồn vốn được cấp, thông báo kế hoạch phân bổ mới tiến hành bình xét các hộ, chưa thực hiện theo quy trình như đã hướng dẫn làm cơ sở xác định nhu cầu.
Đội ngũ cán bộ thực hiện chương trình ở các địa phương còn yếu, thiếu và kiêm nhiệm, chế độ thông tin báo cáo ở các cấp chưa được kịp thời đã dẫn đến chậm tiến độ Chương trình.
Các tỉnh đều thành lập ban chỉ đạo các cấp, nhưng thực tế là thiếu cán bộ, năng lực còn hạn chế, khối lượng công việc nhiều, địa bàn dàn trải đã ảnh hưởng đến kết quả. Sự chỉ đạo và phối hợp thực hiện giữa các cấp tỉnh, huyện xã và ban ngành ở một số địa phương chưa thật chặt chẽ, sát sao và quyết liệt, công việc chủ yếu tập trung do cấp huyện thực hiện. Đây là một khâu còn yếu, nhất là ở các tỉnh ở khu vực Đồng bằng Sông Cửu Long.
Chế độ thông tin báo cáo ở các cấp chưa được kịp thời và đầy đủ làm khó khăn cho công tác chỉ đạo, quản lý, nhất là ở cấp Trung ương. Đến thời điêm 15/8/2006 mới có 45/51 tỉnh gửi báo cáo về cơ quan thường trực, đặc biệt tỉnh Tây Ninh không hề thực hiện chế độ thông tin báo cáo.
Chính vì các lý do kể trên đã làm chậm tiến độ Chương trình, làm cho Chương trình không thể hoàn thành đúng thời hạn như dự kiến ban đầu là cơ bản hoàn thành trong năm 2006.