Bên cạnh những kết quả đã đạt được, trong hoạt động tín dụng tài trợ xuất nhập khẩu của Sở còn một số hạn chế nhất định làm ảnh hưởng phần nào đến sự phát triển hoạt động tài trợ tại Sở trong thời gian qua. Những mặt chưa được trong hoạt động tín dụng tài trợ XNK tại Sở thể hiện:
NHNo đã có hướng dẫn thực hiện nghiệp vụ chiết khấu bộ chứng từ hàng xuất nhưng triển khai còn chưa sâu rộng, chưa có chiến lược cụ thể. Nguyên nhân một phần là do Sở chưa chủ động trong cân đối ngoại tệ và nguyên nhân khách quan là
do sự biến động tỷ giá ngoại tệ trong thời gian qua làm cho ngân hàng e ngại khi thực hiện nghiệp vụ này.
Hoạt động tài trợ xuất nhập khẩu tại Sở khối lượng còn thấp và hình thức chưa phong phú. Doanh số cho vay xuất nhập khẩu trung, dài hạn chiếm tỷ trọng nhỏ, không đáng kể. Hoạt động tài trợ xuất khẩu của Sở I chưa nhiều nên khối lượng thanh toán hàng xuất qua Sở còn thấp. Tại Sở hiện nay chủ yếu là tài trợ nhập khẩu.
Khách hàng được Sở tài trợ xuất nhập khẩu chưa đa dạng, chủ yếu là các doanh nghiệp Nhà nước nên Sở dễ bị sức ép từ phía khách hàng về lãi suất, phí thanh toán. Mặt khác, việc tập trung dư nợ vào một số ít khách hàng sẽ không có lợi cho phòng ngừa rủi ro tín dụng.
Hoạt động tín dụng tài trợ xuất nhập khẩu ở Sở còn chưa có chiến lược cụ thể. Việc khai thác nguồn ngoại tệ phục vụ cho tín dụng và thanh toán còn hạn chế. Sở cũng chưa có bộ phận riêng làm nghiệp vụ tài trợ xuất nhập khẩu mà nghiệp vụ còn lẫn vào bộ phận thanh toán và tín dụng nói chung. Điều này sẽ làm cho sở gặp khó khăn trong việc phát triển hoạt động tín dụng tài trợ xuất nhập khẩu.
Công tác tiếp thị đã được Sở quan tâm nhưng kết quả chưa cao vì việc thực hiện marketing chưa đều khắp cơ sở.
Trên đây là một số hạn chế trong hoạt động tài trợ tín dụng xuất nhập khẩu tại SGDI. Trong thời gian tới, khi được sự hỗ trợ của NHNo&PTNTVN, của NHNN và Chính phủ thì hoạt động này tại Sở chắc chắn sẽ phát triển hơn nhiều.