Bên cạnh những thành tích đạt được công ty trách nhiệm hữu hạn Hoàng Phương còn những mặt tồn tại cần cố gắng điều chỉnh.
Để tồn tại và phát triển trong nền kinh tế thị trường hiện nay các doanh nghiệp luôn có sự cạnh tranh với nhau. Trong những năm qua mặc dù công ty đã tạo được chỗ đứng trên thị trường và đã có những thành công nhưng trong lĩnh vực kinh doanh hàng tư liệu sản xuất vẫn chưa được phát huy thế mạnh. Nguyên nhân vì công ty còn có những khó khăn về cơ sở vật chất kỹ thuật, chưa theo kịp đà phát triển hiện đại. Do sự cạnh tranh của các công ty khác và đặc biệt là các công ty có cơ cấu nguồn vốn lớn được trang bị kỹ thuật công nghệ hiện đại, địa bàn hoạt động mở rộng đã làm cho công ty gặp không ít khó khăn.
Do những khó khăn về cơ cấu vốn điều bắt buộc các nhà quản lý doanh nghiệp phải đưa ra biện pháp nhằm đẩy mạnh hiệu quả hoạt động sản xuất kinh doanh trong lĩnh vực này một trong những ngành nghề chủ đạo của công ty đó là dịch vụ vận tải biển. Dịch vụ vận tải biển là hoạt động kinh doanh truyền thống mang lại doanh thu và lợi nhuận lớn nhất cho công ty. Cho nên các phương tiện vận tải có vai trò quan trọng rất lớn trong hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty, vì thế công ty đã tập trung trong ngành nghề này mà không để ý phát huy thế mạnh trong kinh doanh hàng vật liệu sản xuất trong đó kinh doanh hàng tư liệu sản xuất cũng mang lại cho công ty chiếm từ 15% - 18% trong tổng doanh thu và lợi nhuận.
Công ty nên quan tâm đến công tác quản lý vốn lưu động để có khả năng thanh toán tốt, quay vòng vốn nhanh, không bị chiếm dụng vốn đảm bảo cho hoạt động của công ty được diễn ra ổn định do lượng các khoản phải thu chiếm 1/3 tài sản lưu động.
TSCĐ của công ty bao gồm rất nhiều các tàu, máy móc trên tàu và các TSCĐ khác đều có giá trị nguyên giá lớn và phải chịu những mức khấu hao khác nhau do đó công ty nên có những biện pháp hay thay đổi làm giảm tối đa nếu có thể sự khấu hao của các TSCĐ như mua mới nếu có thể, nâng cấp sửa chữa nếu còn dùng được và nếu không nên thanh lý.
Trên đây là một số tồn tại trong công ty trách nhiệm hữu hạn Hoàng Phương trong thời gian qua. Tất cả các tồn tại trên đều ảnh hưởng tới hiệu quả sử dụng nguồn vốn và đến kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty. Điều này đặt ra những nhiệm vụ cho công ty là phải có biện pháp giải quyết khắc phục những tồn tại nhằm nâng cao hiệu sản xuất kinh doanh nói chung và nâng cao hiệu quả sử dụng nguồn vốn nói riêng.