Hoạt động thực thi pháp luật chống tham nhũng được hiểu, dù ở các mức độ khác nhau, là hoạt động đa lĩnh vực. Những vấn đề nảy sinh trong hoạt động phối, kết hợp giữa các cơ quan trong hệ thống thực thi pháp luật này có thể trở thành những trở ngại nghiêm trọng. Một biểu hiện rõ nhất của điều này là ‘những cuộc chiến’ chính trị ở Nam Phi dẫn tới việc chuyển giao thẩm quyền điều tra tham nhũng cho lực lượng cảnh sát. Mối quan hệ hợp tác thường xuyên và không tranh giành giữa các cơ quan làm việc với nhau trong tiến trình thực thi pháp luật là điều được mong đợi trong cuộc chiến chống tham nhũng, ví dụ như sự hợp tác trong công việc hàng ngày giữa Ủy ban độc lập về chống tham nhũng với Công tố viên trưởng trong Bộ Tư pháp của Hồng Kông.
Cơ quan chống tham nhũng là những đơn vị điều tra được thành lập một cách đặc biệt, trở thành bộ phận riêng rẽ với phần còn lại của hệ thống cơ quan điều tra tội phạm. Ngay lập tức một vấn đề về thẩm quyền nảy sinh liên quan đến việc xác định tội phạm nào chịu sự điều tra của cơ quan này còn tội phạm nào thuộc thẩm quyền điều tra của các cơ quan khác. Sự xích mích và sự ganh đua dường như không thể tránh khỏi. Tình thế khó xử không thể tránh được mà những người thiết kế hệ thống cơ quan thực thi pháp luật về chống tham nhũng phải đối mặt là: cần xây dựng một cơ quan độc lập, có quyền lực khi mà bản thân hệ thống cơ quan thực thi pháp luật không thể tin cậy được (hoạt động yếu, tiêu cực…-ND), tuy nhiên cơ quan này lại gặp phải những xích mích và sự miễn cưỡng trong phối hợp và điều này lại gây cản trở quá trình thực thi pháp luật theo một cách khác.
Tại Indonesia, vấn đề này được giải quyết bằng việc trao cho Ủy ban diệt trừ tham nhũng quyền lực và những quyền hạn tối cao. Ủy ban này phối hợp và hướng dẫn các cơ quan khác có liên quan trong công tác chống tham nhũng. Sự giám sát của Ủy ban đối với những cơ quan khác được mở rộng tới quyền được tiếp quản việc điều tra nếu Ủy ban thấy rằng việc điều tra bởi các cơ quan khác kéo dài quá lâu hoặc không đưa ra được những kết quả như mong đợi, đặc biệt khi Ủy ban tin rằng tham nhũng có thể gây cản trở tiến trình điều tra. Cơ quan này có những thẩm quyền điều tra đặc biệt để yêu cầu việc phối hợp với các cơ quan khác khi cần. Nó cũng có thẩm quyền đặc biệt để tiến hành điều tra những vụ tham nhũng trong các cơ quan thực thi pháp luật khác. Tuy nhiên những cơ quan thực thi pháp luật khác không phải luôn tuân theo và giao những tài liệu theo yêu cầu của Ủy ban này. Vẫn tồn tại những cuộc tranh giành và những xung đột pháp lí đối với những vụ điều tra. Ủy ban diệt trừ tham nhũng thường xuyên phải thực thi quyền hạn của mình bằng thể chất (một cách thô bạo
- ND) để có thể vào nhiệm sở của cảnh sát và để tìm kiếm tài liệu nhằm tiếp quản điều tra (đặc biệt đối với những vụ tham nhũng liên quan đến đến lực lượng cảnh sát). Năm 2009, hai ủy viên của Ủy ban bị truy tố về hành vi tham nhũng và Chủ tịch của Ủy ban bị truy tố về tội giết người (sau đó bị xác định là có tội). Bản án về tội giết người được nhìn nhận rộng rãi là thỏa đáng. Tuy nhiên, những buộc tội về tham nhũng cuối cùng đã bị Tòa án Hiến pháp bác bỏ. Người ta phát hiện rằng cảnh sát và những nhân viên Văn phòng Tổng trưởng lí đã ngụy tạo chứng cứ, xem như một cách đối phó lại với những cuộc điều tra và truy tố của Ủy ban đối với những viên chức của các cơ quan này. Ủy ban diệt trừ tham nhũng đã tiến hành điều tra ngược lại và những băng ghi âm của Ủy ban đã cung cấp chứng cứ về một thỏa thuận đồng phạm giữa các nhân viên cảnh sát và tư pháp nói trên.
Trường hợp của Indonesia còn cho thấy những vấn đề khác nảy sinh trong phối hợp hoạt động, những vấn đề có thể mang tính đặc hữu ở một hệ thống nơi những yếu kém về năng lực hành chính tồn tại trong toàn bộ chính quyền. Điểm dễ nhận thấy trong hoạt động của tất cả các cơ quan chống tham nhũng, bao gồm cả Ủy ban diệt trừ tham nhũng, là hợp tác phòng ngừa và phát hiện tham nhũng với tính quan liêu ở mức độ cao. Ví dụ: khi cơ quan chống tham nhũng đưa ra những tư vấn và liên lạc thông tin với các cơ quan nhà nước về việc thi hành các quy tắc ứng xử và những biện pháp xử lý kỷ luật theo các pháp lệnh về công vụ, họ thường gặp phải các vấn đề thể hiện sự thiếu hợp tác, sự thờ ơ. Hợp tác hiệu quả với Ủy ban diệt trừ tham nhũng trong điều hành những hệ thống này không thể thực hiện được khi các cơ quan chính phủ thiếu năng lực, và còn thiếu quyết tâm hơn nhiều, trong việc thực hiện những quy định về chống tham nhũng.
Tóm lại, thách thức của việc hợp tác là đặc điểm đương nhiên của một hệ thống phức tạp như hệ thống cơ quan điều tra, truy tố và xét xử tham nhũng. Nơi nào có những vấn đề nghiêm trọng về hợp tác, nơi đó những thách thức ngấm ngầm sâu sắc càng được biểu hiện trong việc áp dụng hệ thống thực thi luật phòng, chống tham nhũng. Với mức độ các cơ quan chống tham nhũng độc lập và được trao những quyền thỏa đáng để chống tham nhũng trong bộ máy hành chính hoặc cơ quan tư pháp, thói quan liêu, miễn cưỡng, tranh giành cũng tăng lên một cách đương nhiên. Đó cũng là điều không thể tránh khỏi ở những nơi mà các nỗ lực chống tham nhũng đạt được thành công trong một thời gian ngắn. Nói một cách khác, đặt ra một cơ quan chống tham nhũng riêng biệt, có quyền lực hơn hệ thống cơ quan hiện hành có thể là giải pháp tốt nhất trước mắt. Tuy nhiên, một điều có thể nhìn thấy rõ ràng ở những hệ thống pháp luật thành công nhất về việc sắp đặt những ưu tiên và những lợi ích trong phối hợp giữa các cơ quan thực thi pháp luật là họ có một yếu tố mang tính chất chìa khóa cho sự thành công lâu dài.