Ngành ngân hàng tuy đã có những tiến bộ vượt bậc nhưng vẫn còn hạn chế trong cơ chế hoạt động, điều hành, cạnh tranh, công nghệ ngân hàng còn lạc hậu chỉ theo kịp các nước trong khu vực và Thế giới. Trình độ năng lực của cán bộ thẩm định dự án chưa đạt yêu cầu và kinh nghiệm để thẩm định các dự án lớn phức tạp. Bên cạnh đó quan hệ của các Ngân hàng Thương mại trên địa bàn chưa chặt chẽ, chưa có sự phối hợp, hỗ trợ lẫn nhau trong quá trình thẩm định dự án đầu tư, thẩm định dự án ở từng ngành, từng lĩnh vực cụ thể. Vai trò chỉ đạo hướng, hỗ trợ quản lý của ngân hàng Nhà nước về thẩm định chưa tốt. Thông tin từ ngân hàng Nhà nước, ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam về tình hình xu hướng phát triển của các ngành kinh tế trong từng thời kỳ còn ít, chưa kịp thời nên Chi nhánh còn thiếu thông tin trong quá trình thẩm định.
+ Môi trường pháp lý cho hoạt động tín dụng ngân hàng chưa đầy đủ. Việc thực hiện pháp lệnh kế toán, thống kê chưa nghiêm túc, đại đa số các số liệu quyết toán và báo cáo tài chính của doanh nghiệp chưa thực hiện chế độ kiểm toán bắt buộc. Số liệu phản ánh không chính xác tình hình sản xuất kinh doanh và tài chính của doanh nghiệp đặc biệt là khối kinh tế ngoài quốc doanh. Ngoài ra các cơ quan chịu trách nhiệm cấp chứng thư sở hữu tài sản và quản lý Nhà nước đối với bất động sản chưa thực hiện kịp thời, do đó trong việc thế chấp tài sản và xử lý thế chấp vay vốn, ngân hàng gặp nhiều khó khăn, nhiều khi bị ách tắc. Hiệu lực của các cơ quan hành pháp chưa đáp ứng yêu cầu tranh chấp, tố tụng về hợp đồng kinh tế, phát mãi tài sản, cầm cố, bảo lãnh, chưa bảo vệ được quyền lợi chính đáng của ngân hàng.
+ Việc tổng hợp thông tin, đánh giá, xếp loại doanh nghiệp hiện chưa có cơ quan nào chính thức thực hiện. Do vậy việc bỏ vốn đầu tư của ngân
hàng và các tổ chức tín dụng còn phụ thuộc chính vào nhận thức chủ quan của ngân hàng.
+ Định hướng phát triển kinh tế của từng ngành, địa phương còn hạn chế, chủ trương của các ngành hữu quan không thống nhất dẫn đến tình trạng khó khăn cho công tác thẩm định và quyết định cho vay ở chỗ: xét về mặt tài chính thì đạt nhưng xét về mặt kinh tế - xã hội thì chưa được vì tại khu vực doanh nghiệp hoạt động thì thiếu sản phẩm đó nhưng nhìn trên bình diện chung là thừa và ngược lại. Ngoài ra xét về quy hoạch phát triển kinh tế, nếu không chính xác và ổn định sẽ làm cho các chủ đầu tư ngộ nhận, dự án có thể phải ngừng hoạt động.