Sau qúa trình giám định tổn thất, việc bồi thường trong BHMM được thực hiện bằng cách NBH thanh toán các chi phí để khắc phục thiệt hại, đôi khi bằng sự sữa chữa trực tiếp những máy móc bị phá huỷ. Tuy nhiên ở đây cần phân biệt giữa thiệt hại có thể sữa chữa được và thiệt hại toàn phần.
Nếu thiệt hại của máy móc là tổn thất có thể sữa chữa được, NBH sẽ thanh toán các chi phí cần thiết đã bỏ ra để khôi phục lại hạng mục đó nhằm đưa nó trở lại đúng như hiện trạng ban đầu cộng với các khoản chi phí đã bỏ ra để tháo dỡ và lắp ráp lại nhằm phục vụ cho việc sữa chữa cũng như các chi
phí vận chuyển thông thường tới xưởng sữa chữa và từ nơi sữa chữa trở về, các chi phí mời chuyên gia, các khoản lệ phí, thuế hải quan và các chi phí khác trong phạm vi mà các khoản chi phí đó đã được tính đến trong số tiền bảo hiểm. Nếu việc sữa chữa được tiến hành tại xưởng của NĐBH thì NBH sẽ bồi thường các chi phí về nguyên vật liệu, nhân công phải chi cho công việc sữa chữa đó cộng với một tỷ lệ hợp lý chi phí quản lý.
Người bảo hiểm máy móc sẽ không thanh toán các chi phí trung, đại tu các máy móc được bảo hiểm. Trường hợp sữa chữa tạm thời thì các chi phí chỉ được thanh toán nếu qua đó không làm cho toàn bộ chi phí sữa chữa tăng lên.
Một nguyên tắc bồi thường trong BHMM là không có sự khấu trừ “ mới thay cũ ”, tức là sự làm tăng giá trị do sữa chữa, tuy có làm lợi cho NĐBH song sẽ không vì thế mà mức độ bồi thường bị cắt giảm.
Đối với các bộ phận được thay thế, sẽ không có sự khấu trừ hao mòn nhưng sẽ tính đến giá trị thu hồi.
Trường hợp thiệt hại của máy móc là thiệt hại toàn phần tức là các chi phí sữa chữa nói trên ngang bằng hay vượt quá giá trị thực tế của hạng mục tài sản được BH ngay trước khi xảy ra tổn thất thì NBH sẽ bồi thường giá trị thực tế của hạng mục đó ngay trước khi xảy ra tổn thất, kể cả chi phí vận chuyển thông thường, chi phí lắp đặt và thuế hải quan (nếu có) trong phạm vi các khoản chi phí đó đã được tính đến trong số tiền bảo hiểm. Giá trị thực tế này được tính bằng cách lấy giá trị thay thế mới trừ đi khấu hao hợp lý của hạng mục đó. NBH cũng sẽ thanh toán khoản chi phí tháo dỡ thông thường các hạng mục bị tổn thất nhưng sẽ khấu trừ giá trị thu hồi được.
Bất kỳ khoản chi phí phát sinh nào do việc làm thêm giờ, làm đêm, làm trong ngày lễ và các chi phí vận chuyển nhanh chỉ được thanh toán nếu như có thoả thuận bằng văn bản rõ ràng trong đơn BH.
Cần lưu ý rắng NBH chi sẽ bồi thường sau khi đã có đủ các hoá đơn, chứng từ cần thiết để chứng tỏ rằng việc sữa chữa đã được tiến hành hay việc thay thế đã được thực hiện, tuỳ theo từng trường hợp cụ thể.
Nếu tổn thất xảy ra dưới mức khấu trừ thì NBH không có trách nhiệm phải thanh toán cho NĐBH.