Bên cạnh những thuận lợi đó không thể không nói tới những tồn tại làm cản trở quá trình cạnh tranh và phát triển của VPBank trong thời gian tới:
Quy mô vốn vẫn còn nhỏ
Do nguồn vốn tự có vẫn còn nhỏ nên lượng vốn huy động của ngân hàng vẫn còn khiêm tốn, tới thời điểm này, vốn tự có của VPBank chỉ có 2000 tỷ trong khi hàng loạt các đối thủ cạnh tranh liên tục tăng vốn. Sacombank có vốn trên 4.400 tỷ chưa kể những ngân hàng thương mại nhà nước có vốn hàng chục ngàn tỷ đồng là điều kiện thuận lợi tạo sự cạnh tranh trong hệ thống ngân hàng. Do quy mô vốn nhỏ nên nguồn vốn huy động cũng thấp dưới quy định của ngân hàng nhà nước. Nguồn vốn tạo thu nhập đáng kể là đi vay từ hệ thống liên ngân hàng thì chịu lãi suất cao, và trong tình hình khó khăn vế vốn cho vay thì lãi suất cao sẽ ảnh hưởng ít nhiều đến lợi nhuận của ngân hàng.
Cơ cấu sản phẩm chưa đa dạng
Ngân hàng còn chưa chú trọng tìm tòi và phát triển sản phẩm mới, chưa có nhiều sản phẩm độc đáo, mang ấn tượng VPBank.
Sản phẩm tín dụng trả góp chưa thể hiện được bản sắc riêng của ngân hàng. Sản phẩm như, cho vay trả góp mua nhà cho vay trả góp mua ô tô … khiến khách hàng không ấn tượng với sản phẩm - điều mà các ngân hàng làm được do có sự khác biệt hoá rất tốt. Hiện tại, ngân hàng còn bỏ qua một thị trường có tiềm năng rất lớn đó là thực hiện cho vay trả góp gián tiếp thông qua các đại lý cung cấp sản phẩm hàng hoá – một dạng của thuê mua hiện đại. Chính vì vậy mà số khách hàng đến giao dịch sử dụng dịch vụ này của VPBank còn hạn chế.
Quy mô cho vay khá khiêm tốn
Những con số ở trên đã nói lên tốc độ tăng trưởng về hoạt động cho vay, song nguồn vốn cho vay ra lại còn rất thấp, điều này chưa tương xứng với tiềm năng của ngân hàng. Một phần do dịch vụ ngân hàng còn nghèo nàn, không tạo sự hấp dẫn đối với khách hàng. Ngoài ra, ngân hàng vẫn chưa có chiến lược liên
kết với các đối tác nhằm tạo thuận lợi cho khách hàng cũng như nâng cao doanh số cho nhà cung cấp và cho chính bản thân ngân hàng.
Thị phần chưa mở rộng
Ngoài những khách hàng truyền thống của ngân hàng, hoạt động cho vay trả góp còn khá bó hẹp, không có các phương thức nhằm mở rộng mạng lưới khách hàng. Chiến lược khách hàng còn rất hạn chế, hiện nay VPBank chủ yếu tiếp cận khách hàng một cách bị động. Thực tế, các nhân viên ngân hàng chưa nhận thức được vai trò của mình trong chiến lược khách hàng nên không chủ động tìm kiếm khách hàng mới cho ngân hàng. Việc thực hiện các biện pháp marketing thu hút thêm khách hàng mới, thực tế chủ yếu được thực hiện tại các chi nhánh và phòng giao dịch nhỏ nên khối lượng khách hàng tăng chậm.