- Quỹ tín dụng Thạch khôi thành lập cho đến nay đã được 11 năm tuy nhiên vẫn là một quỹ trẻ nên gặp rát nhiều khó khăn về nhiều mặt, phương tiện làm việc và đội ngũ nhân viên còn thiếu, trình độ bất cập nhiều cán bộ chưa có khả năng tiếp cận công nghệ hiện đại, hơn nữa tổ chức bộ máy đang từng bước hoàn thiện nên cũng làm hạn chế đến kết quả hoạt động kinh doanh của quỹ.
- Mức độ cạnh tranh gay gắt giữa các ngân hàng trên cùng địa bàn, các khách hàng có nhu cầu gửi tiền và vay vốn thường chú ý đến các ngân hàng lớn, các ngân hàng hoạt động lâu năm trên địa bàn như ngân hàng Đầu tư phát triển, Chi nhánh Ngân hàng nông nghiệp và phát triển nông thôn Hải Dương...do đó việc các QTD nhỏ mới ra đời có được mớc huy động vốn và dự án vay vốn lớn là rất khó khăn.
- Quỹ tín dụng Thạch Khôi do đó bị giới hạn quyền phán quyết. Các dự án cho vay đầu tư đều bị QTW kiểm tra rất sát sao. Việc cho vay phải chấp hành, mức độ tự chủ của chi nhánh không cao, các qui định này nhiều khi còn quá rườm rà, quá nhiều giấy tờ biểu mẫu làm cho cán bộ tín dụng mất nhiều thời gian đồng thời khiến cho doanh nghiệp đi vay vốn phải đi lại qua nhiều, có thể gây tâm lí chán nản.
- Có nhiều trường hợp không thu hồi nợ đúng hạn, không phải vì dự án cho vay kém hiệu quả kinh tế mà chính là phát sinh từ kỹ thuật nghiệp vụ, như xác định mức vốn cho vay, quy định thời hạn nợ...thiếu chính xác. Nhiều cán bộ tín dụng quy định thời hạn nợ cho một món vay không căn cứ vào chu kỳ sản suất của doanh nghiệp, được bắt đầu từ khâu dự trữ đến khâu sản suất và lưu thông, phân phối để ấn định thời hạn cho vay thiếu căn cứ khoa học nên thường dẫn đến việc quy định thời hạn cho vay thiếu căn cứ khoa học nên thường dẫn đến việc quy định thời hạn cho vay ngắn quá hoặc dài quá. Thực tế thì nợ quá hạn của chi nhánh đang ở mức độ an toàn nhưng vẫn tiềm ẩn nhiều rủi ro, vì các hợp đồng vay đã được gia hạn thêm thời gian. Vấn đề này chứa đựng nhiều bất cập trong tương lai.
- Chính vì huy động vốn tăng trưởng chậm nên việc mở rộng phạm vi hoạt động và phát triển các loại hình dịch vụ tín dụng còn hạn hẹp.
Để nâng cao CLTD và để có thể phát triển ổn định, bền vững theo sự phát triển của nền kinh tế thị trường, không còn cách nào khác là phải khắc phục những nguyên nhân dẫn đến những tồn tại hiện nay của QTD.