Một số quy định tại NĐ187 cũng bộc lộ những bất cập như chưa quy định cụ thể như việc xác định giá trị quyền sử dụng đất tính vào giá trị doanh nghiệp cổ phần hoá, trình tự thủ tục chuyển giao quyền sử dụng đất, xác lập quyền sở hữu tài sản cho CtyCP, xử lý những tồn tại về tài chính và tài sản tồn đọng. Bên cạnh đó, quy định thu toàn bộ tiền chênh lệch bán cổ phần phát hành thêm trong trường hợp bán cổ phần lần đầu về quỹ sắp xếp cổ phần hoá đã làm giảm động lực thúc đẩy doanh nghiệp thu hút vốn đầu tư sản xuất, việc khống chế tỉ lệ mua ưu đãi của nhà đầu tư chiến lược làm hạn chế khả năng tham gia của các đối tượng này.
Tuy nhiên, một số thành viên của Tcty đã gặp phải không ít khó khăn, vướng mắc về nhiều vấn đề, đặc biệt là cơ chế chính sách nhưng vẫn chưa được Bộ GTVT có chỉ đạo kịp thời. Một loạt các vướng mắc mà các DNNN sau khi chuyển sang CtyCP gặp phải như: vấn đề vay vốn, chính sách cho cán bộ, môi trường kinh doanh chưa bình đẳng... chưa được tổng kết và chậm được bổ sung sửa đổi đã làm giảm động lực cho các CtyCP phát triển, vừa làm cho các đơn vị thành viên DNNN chuẩn bị cổ phần hoá lo lắng, thiếu quyết tâm.
Mặt khác, nhiều vấn đề của doanh nghiệp sau cổ phần hoá cần được quan tâm nghiên cứu, như giải quyết những khó khăn trong việc vay vốn để đầu tư phát triển sản xuất hoặc sự đối xử bất bình đẳng khi tham gia ký kết các hợp đồng kinh tế, tham gia đấu thầu thi công xây lắp trong các dự án; những biến động bất thường về cổ phần, cổ đông; về việc tham gia thị trường chứng khoán ; về quan hệ chi phối đối với những CtyCP có vốn góp chi phối của DNNN; về quan hệ giữa Tcty nhà nước với các CtyCP là thành viên của các Tcty...
Nhiều ý kiến của các Doanh nghiệp cho rằng cổ phần hoá còn nhiều ràng buộc chồng chéo, nhiều quy định bất hợp lý, nhiều luật lệ chưa rõ ràng… ảnh
hưởng đến tiến trình sắp xếp, đổi mới, quản lý DN và hoạt động sản xuất kinh doanh của DN. Trong đó có vấn đề về quy mô DN, hình thức huy động vốn, quản lý đất đai, nhân sự trong bộ máy quản trị điều hành, hoạt động của các tổ chức chính trị…