Bên cạnh những thành tựu đạt được trong công tác TTKDTM vẫn còn một số tồn tại như sau:
- Chuyển tiền nhanh nhưng còn chậm ở chỗ: Từ khi hoàn hệ thống ngân hàng ĐT&PT chi nhánh Quang Trung triển khai công tác thanh toán tập trung toàn nghành thì nghiệp vụ chuyển tiền đã được thực hiện nhanh chóng, chính xác phục vụ tốt nhu cầu thanh toán của các đơn vị và cá nhân. Do đó thu hút được nhiều khách hàng nhất là doanh nghiệp tư nhân và cá nhân. Tuy việc thanh toán mới thực hiện tốt trong hệ thống ngân hàng ĐT&PT đến khi chuyển sang ngân hàng thứ 3 (thông qua thanh toán bù trừ ) lại gặp một số vướng mắc (chủ yếu là thanh toán cho các doanh nghiệp và cá nhân có tài khoản tại ngân hàng Nông nghiệp quận) do không được thu phí chuyển tiền nên các Ngân hàng Nông nghiệp thành phố không chấp nhận việc thanh toán về quận qua mạng máy tính và chỉ thực hiện thanh toán
bằng liên hàng thư (chuyển qua bưu điện thường mất từ 3 đến 5 ngày) nên công tác chuyển tiền trở thành quá chậm.
- Việc sử dụng các hình thức TTKDTM còn đơn điệu chủ yếu là Uỷ nhiệm chi - chuyển tiền vì:
+ Đối với chuyển khoản: Quyền uỷ nhiệm ký thay chủ tài khoản, cá nhân khi phát hành Séc vẫn còn phức tạp. Mặt khác Séc chuyển khoản ghi Nợ trước ghi Có sau nên áp dụng đối với khách hàng thực sự tín nhiệm lẫn nhau.
+ Đối với Séc bảo chi:
Thủ tục rườm rà vốn bên mua bị ứ đọng. Séc bảo chi ghi Có trước ghi Nợ sau nhưng theo công văn số 1700CV-TTTT của ngân hàng ĐT&PT Việt Nam ngày 18/12/1997 về việc hướng dẫn chyển tiền Nợ, Có trong hệ thống ngân hàng Đầu tư thì trong quá trình thanh toán chuyển tiền điện tử mới áp dụng chuyển tiền có chuyển tiền Có chứ chưa được chuyển tiền Nợ đối với khách hàng. Quy định này hạn chế phạm vi sử dụng Séc bảo chi
+ Đối với hình thức Thanh toán:
Khu vực tư nhân tuy có mở rộng và sử dụng tài khoản ở ngân hàng nhưng còn chiếm tỷ lệ nhỏ, chủ yếu là cán bọ công nhân viên ngân hàng. Doanh số hoạt động còn thấp vì: Người dân chưa thấy tầm quan trọng của việc mở tài khoản cá nhân ở ngân hàng, tâm lý của người dân chưa tin tưởng vào ngân hàng, sợ bị rút tiền kho và đặc biẹt sợ người khác biết thu nhập của mình, trốn thuế…
Thanh tóan bù trừ còn hạn chế về phạm vi thanh toán, đơn vị tham gia thanh toán, phiên giao dịch.
Các phươg thức thanh toán vốn của ngân hàng còn nghèo nàn, chủ yếu là chuyển tiền điện tử và thanh toán bù trừ, còn các phương thức thanh toán khác lại chiếm tỉ lệ rất nhỏ, điều này thể hiện sự thiếu linh hoạt trong thanh toán vốn của ngân hàng.
Chưa có phương thức thanh toán bù trừ điện tử để thay thế phương thức thanh toán bù trừ thủ công như hiện nay của ngân hàng. Chính vì vậy, ngân hàng vừa tốn chi phí về nhân công, thời gian cho khoản thanh toán này, hơn nữa các bảng kê được lập bằng tay thì sẽ không tránh khỏi những nhầm lẫn.
Công tác tin truyền hoạt động của Ngân hàng thời gian qua đã được chú ý nhưng hiệu quả tuyên truyền chưa cao nhất là tuyên truyền về tầm quan trọng của thanh toán, đơn vị tham gia thanh toán, phân tích, phiên giao dịch.
Một số hình thức thanh toán mới ra đời còn mang nặng tính hình thức như thẻ thanh toán, thẻ rút tiền tự động, Séc cá nhân chưa thực sự hấp đẫn khách hàng, chưa được áp dụng phổ biến rộng rãi. Nhìn chung các thể thức thanh toán hiện hành ở nước ta vẫn còn mang nặng dáng dấp nội dung của chế độ thanh toán cũ.