Trong một vài ứng dụng, sự thi hành của nén delta phụ thuộc lớn vào việc lựa chọn file tham chiếu phù hợp. Chẳng hạn, để nén một tập các file liên quan, chúng ta cần chọn cho mỗi file một hoặc nhiều file tham chiếu có sự giống nhau với nó; mỗi file tham chiếu tự nó cũng có thể nén theo cách nàỵ Trong trường hợp có 1 file tham chiếu cho mỗi file nén, vấn đề này trở thành tìm một nhánh tốt hơn trong đồ thị tương ứng trực tiếp, trong đó, mỗi cạnh (i,j) có trọng số bằng kích thước của delta với i tương ứng với file tham chiếu j. Trong một số tài liệu, vấn đề này có thể giải quyết theo hướng bình phương của thời gian, tuy nhiên lại mắc phải 2 hạn chế: Đầu tiên,
giải pháp có thể chứa một chuỗi các tài liệu rất dài cần phải truy nhập nếu muốn giải nén một file cụ thể nào đó. Thứ hai, với một bộ sưu tập lớn, bình phương thời gian trở thành khó chấp nhận, nhất là vấn đề giá trong việc tính trọng số thích hợp của đồ thị trực tiếp.
Nếu chúng ta áp độ dài cao hơn đối với chuỗi tham chiếu, sau đó tìm giải pháp tốt hơn thì sẽ trở thành thuật toán NP Completẹ Nếu chúng ta cho phép mỗi file được nén sử dụng hơn 1 file tham chiếu, thì vấn đề này có thể được giảm tới 1 nhánh đồ thị tối ưu, như được chỉ ra trong thuật toán NP Complete thậm chí không có giới hạn độ dài của xâụ
Một ví dụ của chuỗi tham chiếu dài là khi giải quyết với các phiên bản khác nhau của cùng 1 file, như một hệ thống điều khiển xem xét lại chẳng hạn. Trong trường hợp này, việc lựa chọn file tham chiếu nhằm cực tiểu hoá dữ liệu là hiển nhiên, nhưng sự lựa chọn này có thể phải yêu cầu đến những phiên bản rất cũ và do đó sẽ khá đắt. Rất nhiều kỹ thuật đã được đề xuất để giải quyết vấn đề này bằng cách tạo ra một số giới hạn các short cut tới các phiên bản cũ hơn.