Qua chặng đường hoạt động 8 năm những thành tựu mà chi nhánh đạt được không tránh khỏi những thiếu sót, những tồn tại này đã làm cho vai trò và chức năng của BHTG không thể hiện đúng mức trong hệ thống tài chính ngân hàng trong khu vực.
- Đối với nghiệp vụ tuyên truyền quảng cáo: vừa qua Chi nhánh thực hiện được việc tổ chức Hội nghị về BHTG tại các tỉnh, thành phố nhằm tuyên truyền quảng bá hình ảnh về tổ chức BHTG của chi nhánh, nhưng hầu hết chất lượng hội nghị còn dừng lại ở mức hình thức, chưa có chiều sâu, BHTG Việt Nam chưa có chiến lược marketing hay khái niệm về quan hệ công chúng (Public relation), các khách hàng được mời đến dự hội nghị nhiều khi thiếu các tổ chức tham gia BHTG, do nhận thức của các tổ chức này vì đây là hình thức bảo hiểm bắt buộc nên họ cũng ít quan tâm. Một vài chương trình của Đài PTTH Cần Thơ trong khu vực cũng chưa tạo ra được hình ảnh của chi nhánh.
- Đối với nghiệp vụ chi trả tiền gửi được bảo hiểm: chưa thực sự mang tính chuyên nghiệp, còn nhiều phát sinh trong công tác chi trả tiền gửi được bảo hiểm và công tác quản lý sau khi thanh lý đơn vị bị phá sản, thời gian qua công tác chi trả ban đầu do chi nhánh thực hiện, từ khâu kiểm tra xác định số dư tiền gửi đến chi trả tiền gửi mất quá nhiều thời gian, từ đó ảnh hưởng đến tâm lý người gửi tiền và cũng làm mất đi hình ảnh người bảo vệ người gửi tiền của tổ chức BHTG. Nhằm chấn chỉnh việc này BHTG Việt Nam gần đây đã liên kết với Ngân hàng Đầu tư phát triển Việt Nam để chi trả tiền gửi tại các tổ chức tín dụng bị phá sản. Việc cử cán bộ tham gia hội đồng thanh lý cũng không thực hiện được vai trò giám sát Hội đồng thanh lý, vì tổ chức này do đại diện NHNN trên địa bàn quản lý.
- Đối với nghiệp vụ kiểm tra tại chỗ: Thực sự với một bộ máy thiếu và yếu chi nhánh ĐBSCL không thể đảm đương được nhiệm vụ được giao, trong quá trình kiểm tra chưa nhận được sự đồng tình từ phía các chi nhánh NHNN, cụ thể Chi nhánh NHNN tỉnh Bạc Liêu, Sóc Trăng, từ đó cũng gây khó khăn cho Chi nhánh, bên cạnh đó còn nhiều QTDND cơ sở hoạt động mạnh trên địa bàn tỉnh An Giang, Trà Vinh, Tiền Giang, Bạc Liêu có thái độ bất cần tổ chức BHTG. Hiện nay chi nhánh chỉ thực hiện kiểm tra tại chổ đối với hệ thống QTDND còn các chi nhánh
NHTM thì chỉ dừng lại ở mức kiểm tra số tiền gửi thuộc đối tượng bảo hiểm và cách tính nộp phí của các đơn vị, điều này nằm ngoài năng lực của cấp chi nhánh và nó cũng là cái hạn chế chung của toàn hệ thống.
- Đối với nghiệp vụ giám sát từ xa: Do chi nhánh chưa trang bị phần mềm chung cho hệ thống giám sát xếp hạng, nên rất khó khăn trong việc thu thập va xử lý dữ liệu, hiện nay chi nhánh ĐBSCL tự sử dụng phần mềm ứng dụng cho riêng chi nhánh để xử lý số liệu giám sát. Tuy nhiên việc chấp hành gửi báo cáo thông từ phía các TCTD không tốt đã làm cho việc giám sát thiếu tính khách quan, việc cảnh báo sớm đối với các TCTD còn mang tính hình thức, chưa có ý nghĩa thực tiễn.
- Đối với công tác kiểm tra nội bộ: đây là một công tác lớn nhưng hiện nay các chi nhánh khu vực không có Bộ phận kiểm tra nội bộ (trước đây trong cơ cấu tổ chức cấp chi nhánh thì có), điều này đã làm ảnh hưởng lớn đến việc chấn chỉnh trong nội bộ những sai sót trong vận hành bộ máy của Chi nhánh khu vực.
- Đối với nghiệp vụ hỗ trợ tài chính: là một trong những sản phẩm có ý nghĩa chiến lược nhưng chi nhánh ĐBSCL không thực hiện được, có thể nói không có công tác marketing nào có sức thuyết phục bằng chính sản phẩm dịch vụ mà chúng ta mang lại cho khách hàng, phía sau công tác quảng bá hình ảnh phải là sản phẩm của chi nhánh nhưng sản phẩm này không đến được khách hàng (tổ chức tham gia BHTG) thì làm sao BHTG Chi nhánh khu vực ĐBSCL có một chổ đứng trong lòng khách hàng.