Ngoài những thành công đáng kể về tình hình chùa động hoạt động trái phép và trật tự trị an còn có những vấn đề bất cập trong quản lý khai thác khu du lịch chùa Hương.
- Về tổ chức quản lý khai thác
+ Chưa tìm ra được mô hình quản lý khai thác tài nguyên khu du lịch một cách có hiệu quả.
+ Chưa có 1 cơ chế nội quy mang tính pháp lý để bảo vệ quản lý khai thác kinh doanh tại khu du lịch và tổ chức kiểm tra liên ngành các hoạt động đó.
+ Quản lý nhà nước thiếu đồng bộ thống nhất, thể hiệu sự buông lỏng yếu kém nhiều mặt.
+ Tổ chức quá nhiều doanh nghiệp nhà nước khai thác tại khu du lịch mang tính thời vụ gây lãng phí vừa gây tập trung vốn đầu tưư, lãng phí lao động.
+ Chưa có giải pháp điều hòa, phân phối lại lợi ích kinh tế do việc sở hữu quản lý khai thái tài nguyên du lịch giữa tỉnh, huyện, xã các đơn vị cá nhân.
- Về phương diện hoạt động khai thác kinh doanh
+ Do tính chất sở hữu, quyền sở hữu tài nguyên du lịch cộng với cơ chế nhiều thành phần kinh tế gắn liền với quản lý lỏng lẻo nên thực trạng khai thác kinh doanh du lịch ở đây nảy sinh và bất cập.
+ Mọi hoạt động du lịch ở đây thuần túy là khai thác, cạnh tranh thi đua tối đa, không hề quan tâm hoặc không đầu tưư để đảm bảo sự bền vững của khu thắng cảnh di tích.
- Còn xuất hiện nhiều tình trạng không lành mạnh tại địa điểm du lịch: + Tranh mua, tranh bán, giành giật khách hàng.
+ Tùy tiện về giá cả, mất trật tự và an ninh xã hội. + Văn hoá phục vụ thấp
+ Tình trạng trốn thuế tránh kiểm soát của nhà nước
+ Nhiều mâu thuẫn về lợi ích kinh tế của việc khai thác du lịch đã nảy sinh giữa tỉnh, huyện, xã, làng xóm, giữa các đơn vị tổ chức, giữa người bản xứ với những người nơi khác đến kinh doanh.