Nước thải sinh hoạt từ các khu dân cƣ, khu chợ, các làng nghề mang theo vi
khuẩn gây bệnh, hóa chất độc hại, chất hữu cơ tiềm tàng nguy cơ gây phú dƣỡng cho nguồn nƣớc chƣa đƣợc kiểm soát. Nƣớc thải từ sinh hoạt không nhiều nhƣng lại gây nguy cơ ô nhiễm nguồn nƣớc do thải trực tiếp ra môi trƣờng xung quanh mà không qua xử lý. Nƣớc thải chỉ đƣợc tập trung ra các hệ thống cống sau đó tập trung vào hệ thống cống thải lớn hơn và đổ trực tiếp ra sông, ao, hồ. Một số nơi hệ thống cống còn lộ thiên, khi có mƣa lớn gây chảy tràn làm ảnh hƣởng đến môi trƣờng xung quanh. Các cống thải trực tiếp ra sông, suối ít đến nay vẫn chƣa đƣợc quan trắc về lƣợng thải, về các chỉ tiêu gây ô nhiễm. Trong đó có cả cống thải của một số nhà máy sản xuất chế biến thực phẩm chứa nhiều chất hữu cơ gây phú dƣỡng, tạo điều kiện cho sự phát triển của các loài tảo. Nguồn nƣớc mƣa mang theo nhiều chất gây ô nhiễm do chảy tràn qua các bãi rác, các cánh đồng có dƣ lƣợng thuốc trừ sâu, phân bón đƣợc sử dụng trong quá trình canh tác, cũng chƣa có hệ thống thoát nƣớc riêng. Đây cũng là một nguồn nƣớc tiềm tàng nguy cơ gây phú dƣỡng. Hiện tƣợng phì dƣỡng của các hệ sinh thái vùng cửa sông do các chất thải từ nuôi tôm các chỉ tiêu chất lƣợng nhƣ COD, BOD, hàm lƣợng chất rắn lơ lửng, vi sinh vật gây bệnh… đều vƣợt quá giới hạn cho phép.
Chất thải rắn: rác thải từ các khu chợ, các cơ sở kinh doanh, các khu dân cƣ, bệnh viên, khu đô thị, rác thải trực tiếp của cộng đồng dân cƣ vạn đò, rác thải của các
loại hình hoạt động du lịch trên sông. Việc chôn, thải xác động thực vật không đảm bảo vệ sinh. Xây dựng các bãi rác thải, các công trình vệ sinh, các kho chứa nguyên vật liệu có chất thải, hoặc các khu chứa chất thải không đúng quy định. Hiện việc thải chứa chất thải rắn ngày càng tăng, các hoạt động khoan khảo sát địa chất công trình và khai thác nƣớc, khai thác mỏ, xử lý nền móng, lấy đất làm vật liệu xây dựng phát triển mạnh, sông không đƣợc quản lý giám sát chặt chẽ, làm cho nguồn nƣớc dƣới đất có nguy cơ ô nhiễm cao.
Ô nhiễm về mặt vi sinh, ô nhiễm kim loại nặng cũng đã phát hiện ở một số vùng. Vấn dề quan tâm nhất về là hàm lƣợng Arsenic trong nƣớc cao gây ảnh hƣởng tới sức khỏe của nhân dân.
Xói mòn sạt lở đất: Nƣớc mƣa, nƣớc lũ mang theo tầng đất mặt, chất dinh dƣỡng,
chất hữu cơ đổ vào sông suối làm cho độ đục, hàm lƣợng chất hữu cơ và chất dinh dƣỡng trong sông tăng lên, chứa đựng các nguy cơ tiềm tàng về ô nhiễm nguồn nƣớc. Nguyên nhân gây ra xói mòn đất là do quá trình canh tác không hợp lý, lớp phủ thực vật bị tàn phá dẫn đến tình trạng đất trống, đồi trọc.
Hạn hàn, lũ lụt, xâm nhập mặn: vì lƣợng mƣa phân bố không đều, hơn 80% tổng
lƣợng mƣa tập chung vào mùa mƣa(chủ yếu vào tháng IX và tháng X) gây lũ lụt hàng năm trong tỉnh nƣớc tràn lan khắp các bãi rác khu nƣớc thải, xác chết các động thực vật.. là nguy cơ gây ô nhiễm nguồn nƣớc nặng nề nhất.
Mùa khô bắt đầu từ tháng III tới tháng VIII thịnh hành gió Tây thời tiết khắc nghiệt khô nóng ít mưa thường gây hạn hán, mực nước trong các sông hồ và cả
mực nước ngầm hạ thấp nhiều vùng thiếu nguồn nước sinh hoạt đặc biệt hai huyện miền núi Hướng Hoá và Đắk Rông dùng nguồn nước mặt là chủ yếu, hàm lượng vi sinh vật vượt giới hạn cho phép, nước mặn xâm nhập sâu vào các con sông ảnh hưởng đến nguồn nước sinh hoạt.