- Sự chỉ đạo các cấp, chính quyền địa phơng, các ngành liên quan nơi có các dự án đợc cấp phép và triển khai cha thật sự sát sao. Đặc biệt là trong khâu đền bù, giải
phóng mặt bằng, tổ chức quản lý thiếu đồng bộ. Nguyên nhân việc chậm trễ trong giải phóng mạng bằng là do chính sách đền bù của Nhà nớc cha đợc luật hoá, nhiều nơi nhiều lúc còn mang tính cảm tính là nhiều. Do đó một số bộ phận cán bộ, và dân c nhiều lúc đòi mức đền bù quá cao đã ngây trở ngại không nhỏ đến tiến độ triển khai của các dự án .
- Uỷ ban nhân dân thành phố Hà nội cha có chính sách đặc biệt u tiên khuyến khích cho các dự án đầu t về công nghiệp. Mặc dù đã có những chính sách u tiên về chế độ thuế đất, u đãi về giá nớc....Nhng về cơ bản các dự án đầu t vào công nghiệp chỉ đợc hởng những u đãi theo các qui định của luật đầu t Nhà nớc ban hành đây là điều dẫn đến việc các nhà đầu t cha tìm thấy sự hấp dẫn với công nghiệp Hà Nội.
- Sự cạnh tranh thu hút đầu t giữ các địa phơng ngày càng rõ nét. Đó là việc các địa phơng trong nớc tăng cờng các giải pháp u đãi (ngoài luật) nhằm thu hút đầu t nớc ngoài. Ngoài những quy định u đãi của chính phủ thì các địa phơng có các quy định u đãi riêng, điều này dẫn đến mặt bằng chung về đầu t không giống nhau là nguyên nhân dẫn đến hạn chế phần nào thu hút đầu t vào Hà Nội. Thực tế thời gian qua một số dự án ban đầu đã làm thủ tục và cấp phép đầu t tại Hà Nội, nhng sau đó lại chuyển địa điểm đầu t sang một số địa phơng lân cận khác nh Hà Tây, Hải Dơng ...
- Ngoài ra còn phải kể đến là những hạn chế về mặt quản lý Nhà nớc nh vấn đề thống nhất giữa các văn bản pháp lý, cơ chế phân cấp, uỷ quyền thiếu đồng bộ, cha nhất quán, giải quyết các thủ tục hành chính phát sinh còn chậm, đã gây ra trở ngại về tâm lý thiếu tin tởng của các nhà đầu t đối với nhà quản lý.
- Giá thuê đất để thực hiện các dự án còn quá cao. Nhất là giá thuê đất trong các khu công nghiệp giá bình quân trong khu công nghiệp Hà nội là: 1,6 USD/m2/năm, chi phí quản lý hạ tầng 0,5 - 0,8 USD m2/năm. Đây là giá tơng đối cao so với khu công nghiệp trong nớc. (Ví dụ: khu công nghiệp Tân Tạo TP. Hồ Chí Minh giá thuê đất là 0,1 - 0,5 USD/m2/năm).
- Cha có chiến lợc thu hút FDI vào công nghiệp và khu công nghiệp trong khi khu công nghiệp và KCX đợc coi là những thực thể kinh tế có thể thu hút đợc nhiều dự án thì lại cha phát huy đợc vai trò của mình. Do đó hiện nay diện tích bỏ trống của các khu công nghiệp còn quá lớn.
Với mục tiêu xây dựng một nền sản xuất công nghiệp hiện đại, vững mạnh. Thành phố Hà nội đã có nhiều chính sách nhằm khuyến khích đầu t vào công nghiệp.. Nhng qua thực tế triển khai, thực hiện với những nguyên nhân trên đã làm cho nhà đầu t cha mạnh dạn, an tâm trong quá trình đầu t .