Từ năm 1996, Sở Khoa học, Công nghệ và Môi trường Khánh Hòa đã xây dựng Qui hoạch mạng lưới quan trắc môi trường với sự trợ giúp của Trung tâm kỹ thuật nhiệt đới và bảo vệ môi trường thành phố Hồ Chí Minh. Mạng lưới quan trắc được thiết lập với một số trạm nền (quan trắc không khí, nước sông, nước biển ven bờ) đặt ở những vị trí ít chịu tác động của các yếu tố thải do họat động của con người và sản xuất. Trạm tác động đặt tại các khu vực có thể đánh giá được tác động của các
chất ô nhiễm và có thể so sánh được với trạm nền. Vị trí các trạm này thường đặt gần các khu vực trọng điểm, gây ô nhiễm (khu dân cư, khu công nghiệp, khu vực nuôi trồng thủy sản, các điểm xả thải, cửa sông đổ ra biển, bãi biển, cảng…). Với nguồn lực hạn chế (nhân sự, kinh phí, thiết bị…), số lượng các trạm giám sát rất ít, không liên tục, chỉ giám sát chất lượng nước biển ven bờ hoặc môi trường không khí với một số các chỉ tiêu môi trường đặc trưng tùy thuộc vào nguồn kinh phí được cấp.
Từ năm 1999 đến 2005, về cơ bản mạng lưới quan trắc chất lượng môi trường ở Khánh Hòa tương đối ổn định về vị trí các trạm, tần suất, và thông số quan trắc.
1) Không khí: 9 trạm; tần suất quan trắc: 01 quí/lần và tháng giữa quí (lấy mẫu một lần vào buổi sáng và buổi chiều); thông số quan trắc: độ ồn, bụi lơ lửng, SO2, NO2, hydrocarbon (HC).
2) Nước mặt: 6 trạm; tần suất quan trắc: 01 quí/lần; thông số quan trắc: pH, DO, TSS, BOD5, nitrat, clorua, Zn, As, Cu, HC, coliform
3) Nước biển ven bờ: 6 trạm; tần suất giám sát: 01 quí/lần; thông số quan trắc: pH, DO, TSS, BOD5, Zn, As, Cu, HC, coliform
Ngoài ra trung tâm còn thực hiện quan trắc các khu vực trọng điểm có khả năng xảy ra các sự cố về môi trường như khu vực nhà máy đóng tàu Hyundai-Vinashin (Ninh Hòa); khu vực nhà máy dệt Nha Trang; khu công nghiệp Suối Dầu và khu vực cảng Cam Ranh với tần suất giám sát 01 quí/lần
Bên cạnh việc quan trắc các thành phần môi trường trung tâm còn thực hiện quan trắc về sinh học nhằm đánh giá mức độ ô nhiễm của môi trường tác động lên cơ thể sinh vật trên đối tượng Hàu Ostrea.sp sống trong tự nhiên tại khu vực Mỹ Giang, Mũi Dù (khu vực biển ven bờ gần nhà máy Huyndai – Vinashin, Ninh Hòa) với tần suất 02 lần/năm (6 tháng 01 lần); các thông số quan trắc là Cu, Pb, Cd, Cr và độ bền vững cấu trúc màng lysosome của tế bào.
Hoạt động quan trắc trong 3 năm gần đây: Thực hiện theo quy hoạch mạng lưới quan trắc môi trường tỉnh Khánh Hòa giai đoạn 2010 và tầm nhìn đến 2020 đã được UBND tỉnh Khánh Hòa phê duyệt tại Quyết định số 378/QĐUBND ngày
18/2/2009. Theo qui hoạch đã được phê duyệt, hàng năm, Trung tâm xây dựng chương trình quan trắc thông qua các đề án nhiệm vụ, trình Sở Tài nguyên và Môi trường thẩm định, phê duyệt để thực hiện . Cụ thể:
- Không khí: 23 trạm (01 trạm nền, 22 trạm tác động); tần suất quan trắc: 4 lần/ năm (tháng 2, 5, 8, 11); thông số quan trắc: độ ồn; bụi lơ lửng, NO2, SO2, CO, HC.
- Nước: 16 trạm; tần suất quan trắc: 01 lần/tháng ; thông số quan trắc : pH, DO, TSS, BOD5, độ màu, độ mặn, nitrat, nitrit, clorua, Phosphat, COD, Fe, Mn, Zn, As, Cu, HC, dầu mỡ, coliform, dư lượng thuốc BVTV… tuỳ theo tính chất trạm (trạm nền, trạm tác động, trạm cửa sông…)
- Nước biển ven bờ: 16 trạm; tần suất quan trắc: 01 lần/tháng tại 8 trạm từ những năm 1996; 02 tháng/lần tại các trạm mới được bổ sung vào mạng lưới quan trắc trong thời gian gần đây; thông số quan trắc gồm : pH, DO, nhiệt độ, độ mặn, TSS, BOD5, COD, NH3-N, Zn, As, Cu, Pb, Cd, dầu mỡ, coliform; Trầm tích đáy (Fe, Mn, Zn, Cu, Pb, Cd, Cr, HC, coliform); trầm tích bãi triều (HC).
- Nước ngầm: 10 trạm; tần suất quan trắc: 02 lần/năm ; thông số quan trắc : nhiệt độ, độ dẫn điện, pH, độ cứng, chất rắn tổng số, nitrat , nitrit, clorua, sunfat, phosphat, Fe, Mn, florua, amoni, As, Cd, Cr6+, Hg, Cu, Pb, Zn, CN-, coliform, E. coli.
- Quan trắc sinh học: Trên đối tượng: Hàu (Ostrea. sp) sống tự nhiên ở khu vực Tây Nam vịnh Vân Phong; tần suất quan trắc: 2lần/năm (tháng 5 và tháng 10 hàng năm); thông số quan trắc: Hàm lượng kim loại nặng: Cd, Pb, Cu, Cr; tính bền vững lysosome tế bào máu.
Ngoài ra, năm 2010 còn thực hiện quan trắc đa dạng sinh học đối các hệ sinh thái biển như: rạn san hô về độ phủ, thành phần loài loài san hô và các sinh vật sống trong rạn; quan trắc cỏ biển về về thành phần loài, mật độ, độ bao phủ và sinh lượng; quan trắc rừng ngập mặn về thành phần loài, mật độ, chiều cao và đường
kính thân. Hoạt động quan trắc đa dạng sinh học đối với các hệ sinh thái biển sẽ được thực hiện 5 năm/lần theo quy hoạch đã được UBND tỉnh phê duyệt.
* Công tác đảm bảo chất lượng và kiểm soát chất lượng (QA/QC) trong hoạt động quan trắc: Trung tâm bước đầu triển khai từ năm 2009 đến nay trong lấy
mẫu hiện trường và trong phòng thí nghiệm.Việc đảm bảo chất lượng và kiểm soát chất lượng (QA/QC) trong quan trắc và phân tích được thực hiện đối với môi trường không khí xung quanh, nước mặt, nước ngầm, nước biển ven bờ.
Các thông số thực hiện QA/QC trong phòng thí nghiệm gồm: QA/QC của PO43-
, NO3 -
, NH4 +
, Cu, Fe, Zn, dầu mỡ trong nước mặt, nước biển ven bờ. Thực hiện mẫu QC: mẫu trắng dụng cụ chứa mẫu, mẫu trắng thiết bị lấy mẫu, mẫu lặp, mẫu thêm, mẫu trắng vận chuyển. Số lượng mẫu QC trong mỗi đợt quan trắc: 50