∗ Công ty chưa chủ động đến với khách hàng
Thực tế cho thấy, hiện tại chủ yếu vẫn là các khách hàng tìm đến với Công ty vì họ cần dịch vụ chứ Công ty chưa tự tìm đến với khách hàng nhằm mở rộng thị trường hoạt động trong khi khách hàng là nguồn sống của Công ty. Trong điều kiện nền kinh tế thị trường như hiện nay thì đây quả là điều khó chấp nhận. Điều này có thể được giải thích do số lượng nhà đầu tư ngày một đông mà giữa các CTCK chưa có sự cạnh tranh lớn lắm. Do vậy mà công ty có thể thụ động trong việc tìm kiếm khách hàng để tạo các cơ hội thực hiện các hợp đồng dịch vụ cho họ. Ngoài ra các biện pháp nhằm thu hút hấp dẫn khách hàng cũng chưa được Công ty chú trọng, mới chỉ là hình thức hết sức đơn giản như gửi thiếp chúc mừng tới khách hàng vào các dịp lễ tết. Trong khi đó, ở các nước phát triển những việc như thế này lại rất được quan trọng và họ thường bỏ ra kinh phí khá lớn để thực hiện.
Trong giai đoạn hiện nay những vấn đề này chưa có ảnh hưởng gì lớn lắm đến hoạt động của Công ty nhưng chắc chắn rằng trong tương lai không
xa khi thị trường phát triển, sự cạnh tranh giữa các công ty trở nên gay gắt hơn thì đây có thể trở thành nguyên nhân gây hạn chế không nhỏ đến hiệu quả kinh doanh của Công ty.
∗ Hoạt động của Công ty còn nhiều hạn chế
Có thể nói đây là thực tế khá bức xúc. Tuy đủ điều kiện để thực hiện tất cả các hoạt động kinh doanh nhưng Công ty cũng mới chỉ triển khai một số hoạt động phổ biến như: Môi giới, tự doanh. Các hoạt động khác rất ít được thực hiện, thậm chí bỏ ngỏ. Điển hình là hoạt động bảo lãnh phát hành và quản lý danh mục đầu tư. Các dịch vụ phụ trợ ở Công ty tuy có nhiều, do có thế mạnh là CTCK trực thuộc NHNo&PTNT VN nhưng chưa có biện pháp để đưa dịch vụ này đến với khách hàng nên về cơ bản chúng chưa được sử dụng. Có thể nói, khách hàng chưa thoả mãn đối với những dịch vụ mà Công ty đang triển khai. Ngay như hoạt động môi giới được đánh giá là được thực hiện tốt nhưng cũng chưa làm khách hàng vừa lòng vì theo họ phí môi giới còn quá cao. Bên cạnh đó còn có rất nhiều các nhu cầu khác của khách hàng chưa được Công ty tìm hiểu để từ đó đưa ra các dịch vụ, tiện ích mới phục vụ khách hàng.
Tóm lại, sự phát triển không đồng đều các hoạt động của Công ty là một nguyên nhân cơ bản dẫn đến những hạn chế trong qúa trình hoạt động của Công ty trong thời gian qua.
∗ Nguồn nhân lực của Công ty chưa đáp ứng được yêu cầu
Nhân tố con người là một trong những nhân tố đặc biệt quan trọng quyết định sự thành công hay thất bại của thị trường chứng khoán nói chung hay CTCK nói riêng. Đối với CTCK NHNo&PTNT VN đây cũng là một vấn đề bất cập. Đội ngũ cán bộ hiện nay không thể nói là không có trình độ. Đa số đều được đào tạo khá bài bản qua các trường đại học hoặc qua các khóa học của Uỷ ban chứng khoán Nhà nước. Tuy nhiên, để đáp ứng cho yêu cầu phát triển của thị trường thì lực lượng nhân sự hiện nay nhìn chung chưa đáp ứng được.
Chúng ta cần phải có một đội ngũ chuyên gia được đào tạo chuyên nghiệp và đồng đều, vừa có tri thức, vừa có kinh nghiệm trong các lĩnh vực phân tích thị trường, quản lý rủi ro, tư vấn đầu tư... Một đội ngũ như thế phải là sản phẩm của một nền đào tạo chính quy, có bề dày năm tháng, đồng thời là sản phẩm của một môi trường tài chính phát triển đến một độ chín mùi nhất định. Trong điều kiện thị trường chứng khoán nước ta chưa thể đòi hỏi phải có ngay một đội ngũ nhân viên như vậy. Điều này đòi hỏi Công ty phải nỗ lực hơn nữa trong việc bồi dưỡng, đào tạo cho đội ngũ cán bộ của mình để từng bước hình thành một lớp chuyên gia lành nghề. Nhưng nói như vậy không có nghĩa là hiện nay Công ty không dám có những bước thử nghịêm đối với nhân viên của mình. Bên cạnh đó, việc kiêm nhiệm của đội ngũ lãnh đạo của Công ty cũng là một hạn chế và gây ảnh hưởng đến việc phát triển các hoạt động kinh doanh của Công ty.
∗ Cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ giao dịch còn hạn chế
Công nghệ hiện đại là một trong số những điều kiện tiên quyết giúp đảm bảo được các nguyên tắc hoạt động của thị trường chứng khoán. Để tạo ra một thị trường công bằng, công khai, hiệu quả, cần phải có hệ thống thu thập, phân tích, xử lý và công bố thông tin đủ hiện đại. Chẳng hạn đối với hoạt động môi giới để có thể triển khai được một cách hiệu quả cần được sự trợ giúp của công nghệ hiện đại trong việc xử lý lệnh nhanh chóng, chính xác, giúp truyền thông trên diện rộng, kết nối được nhiều văn phòng chi nhánh thành mạng thống nhất giúp công tác kiểm soát, kiểm tra phát triển các vấn đề liên quan đến lợi ích của khách hàng. Phần mềm máy tính của Công ty do Công ty tin học cung cấp có ưu điểm là chi phí rẻ song lại gặp khó khăn ở chỗ các công ty phần mềm tin học chưa thông thạo về hoạt động kinh doanh chứng khoán, trong khi hoạt động kinh doanh của Công ty lại phát sinh thường xuyên, đòi hỏi phải có những sửa đổi chương trình do vậy chưa thể thiết kế chương trình ổn định.
Như vậy, có thể nói nếu Công ty tập chung đầu tư nhiều hơn nữa cho các trang thiết bị và cơ sở vật chất kỹ thuật thì sẽ thu hút được nhiều nhà đầu tư hơn và nâng cao hơn nữa hiệu quả thực hiện nghiệp vụ.