Điều cơ bản nhất trước khi thay đất, thay chậu là không được tưới nước, phải để thật khô. Dùng một đũa tre mỏng để xăm đất ở sát mép chậu giúp tách toàn bộ khối đất không cho dính vào thành chậu. Vì sau thời gian mọc, rễ bám chặt lấy nhau và áp sát dính với thành chậu. Nếu mạnh tay đưa cây ra, rễ bị thương tổn. Một tay nắm chặt phần gốc thân, một tay giữ mép chậu, nâng thẳng gốc cây ra khỏi chậu, hoặc lật ngược chậu để cây và bộ rễ nặng rời ra khỏi chậu (đỡ gốc thân và đáy chậu). Nếu bộ rễ còn dính lại với thành chậu, vướng không nâng cây lên được thì đặt chậu trên bàn, một tay nhấc cây, một tay dùng kéo cắt nhẹ các rễ bám vào chậu.
Đặt cây lên bàn, dùng que gỗ cứng, dài, xăm nơi khe các nhánh rễ lớn để đất vỡ rời khỏi bộ rễ. Thao tác bắt đầu làm từ ngoài mép của khối đất, rồi dần dần tiến về phía trong. Gỡ các rễ quấn chằng chịt với nhau, bắt đầu từ mặt trên, dần về phía đáy sâu. Cố gắng không làm thương tổn rễ con.
Loại bỏ các đất cũ ở dưới gốc cây, làm lộ gần hết bộ rễ ra. Toàn bộ đất loại bỏ chiếm hết 70%.
Xén bớt các rễ đã gỡ tơi bằng một kéo sắc, tùy theo mức độ xum xuê và già cỗi của bộ rễ, đặc biệt phải loại bỏ các rễ đã bị hư hại, thối khô hay đã chết. Cần chú ý đến các rễ quá khoẻ, có thể cắt thật sát một phần, không làm gãy, dập nát.
Kiểm tra thật kỹ bộ rễ để nhặt bỏ hết các sâu bọ, trứng, ấu trùng, đồng thời loại ra các rễ cỏ, các loại hạt cây xa lạ.
Tỉa bớt cành lá cho tương xứng với hệ rễ đã được sửa sang.
Chọn một chậu khác dung tích lớn hơn và có hình dạng phù hợp với cây Bonsai trưởng thành. Đối với các loài cây yếu ớt như các loài cây lá kim (thông, tùng, bách) thì nên dùng chậu không tráng men, để đất luôn giữ được độ ẩm và không ấm nóng.
Dùng lưới kim loại đậy các lỗ thoát nước, luồn dây kẽm, đồng qua lỗ này chừa hai đầu dây ra ngoài thành chậu để buộc cây vào vi trí ổn định, không bị lung lay.
Rải một lớp đất thô, hạt to hay sỏi sạn vào đáy chậu, tiếp theo rải một lớp đất có hạt trung bình cho kín khoảng chiều sâu của chậu.
Đặt cây vào chậu ở một vị trí đã chọn sẵn, phù hợp với chậu và bộ rễ, nếu cần thì xén bớt rễ cọc để cây hoàn toàn có bộ rễ gọn trong chậu (loại trừ cây Bonsai có rễ nổi thì phải rải thêm một lớp đất mịn ở dưới bộ rễ); đổ đất mịn trung bình lên toàn bộ hệ rễ, lấp kín đến miệng chậu. Vừa cho đất vừa lèn nén để giữ cây đứng chắc theo một tư thế thích hợp. Phủ một lớp đất mịn mỏng lên trên cùng.
Cột chặt cây vào chậu bằng cách cuốn hai đầu dây kẽm đã có ở lỗ đáy chậu vòng quanh vào khối rễ. Dây cuốn không được lộ ra ngoài lớp đất mới.
Lấp đất mịn phủ đều hết cả mặt chậu (có thể hơi dày ở phần gốc), dùng đũa tre để xăm đất mới trải, để các hạt đất len lỏi vào giữa các khe của bộ rễ. Lắc và vỗ nhẹ vào thành chậu làm đất nén dần xuống, không bị hổng ở dưới. Khi lấp đất dày khoảng 80% thể tích của chậu dùng ngón tay nén nhẹ trên mặt đất. Phủ một lớp đất mịn hạt lên trên cùng rồi dùng một cái bay nhỏ nén đất cho chặt và phẳng và hơi dốc vào phía trong để khi tưới nước, nước không cuốn trôi đất ra ngoài. Đây là lớp mặt "trang trí" trên đó có thể để nhẵn bằng cách dùng một cây chổi nhỏ quét nhẹ trên mặt đất, hoặc phủ lớp rong rêu mỏng.
Đặt cây Bonsai đã thay đất vào nơi ít nắng (tránh nắng trực tiếp) và tưới nước đầy đủ bằng một bình phun có lỗ rất mịn.
Sau 2 - 4 tuần, rễ mới bắt đầu bén trên đất, và sau 3 - 6 tháng cắt và rút dây đồng ra, đem cây nơi đủ nắng và thoáng khí