Từ các nhóm giống lúa trên, tùy theo tiểu vùng sinh thái mà các địa phương sẽ cho lựa cơ cấu giống cho địa phương mình. Cơ cấu giống lúa cho từng tiểu vùng sinh thái ở Nam Bộ trong vụ ĐX 2014 - 2015 được đề xuất như sau:
- Vùng phù sa ngọt dọc sông Tiền, sông Hậu: Ưu tiên sử dụng các giống lúa cao sản chất lượng cao:
+ Giống chủ lực: Jasmine 85, OM4900, OM6976, OM4218, OM5451...
+ Giống bổ sung: OM2514, Nàng hoa 9, OM6561, AGPPS103, OM7347, VD20, IR50404...
-Vùng Tây sông Hậu và tứ giác Long Xuyên: Ưu tiên sử dụng các giống lúa có khả năng thâm canh cao, chất lượng khá-tốt:
+ Giống chủ lực: OM4900, OM7347, OM6976, OM4218, OM5451, Jasmine 85..
+ Giống bổ sung: IR50404, OM2517, OM6162, OM5954, OM8017, GKG1...
- Vùng Đồng Tháp Mười: Ưu tiên áp dụng giống lúa cực ngắn ngày, chịu phèn mặn trung bình - khá:
+ Giống chủ lực: IR50404, VD20, OM6976, OM4218, OM4900, OM5451...
+ Giống bổ sung: Jasmine 85, Nàng Hoa 9, OM7347, nếp IR4625, nếp Bè...
- Vùng ven biển Nam Bộ: Ưu tiên áp dụng giống ngắn ngày, chịu điều kiện khó khăn:
+ Giống chủ lực: OM4900, OM6976, OM5451, OM6162, IR50404...
+ Giống bổ sung: ST5, OC10, OM576, OM1325 và OM1328 (nhóm B), lúa lai B-TE1,
- Vùng bán đảo Cà Mau: Ưu tiên sử dụng các giống lúa ngắn ngày, chịu phèn mặn và điều kiện khó khăn:
+ Giống chủ lực: OM2517, IR50404, OM6162, OM5451, OM576, OM4900...
+ Giống bổ sung: OM6976, ST5, OM7347, OM5954, OM2395, OM6162, Một bụi đỏ, B-TE1...
- Vùng Đông Nam Bộ:
+ Giống chủ lực: OM4900, OM6976, OM5451, ML48, Jasmine 85...
+ Giống bổ sung: OM7347, OM4218, OM6162, ML202, TH6, IR64 ...