c. Khớp nối các hằng số
2.2.2.7.Tính toán của các cấu trúc ba chiều
Sự mô phỏng cấu trúc ba chiều được thực hiện bằng cách sử dụng tất cả các thông tin được biết cho đến nay trên protein. Trình tự protein và các ràng buộc cấu trúc đề cập ở trên là những thành phần thiết yếu được sử dụng trong các phần mềm tính toán. Mục đích là để tạo ra một tập hợp của các cấu trúc phù hợp với các giới hạn thử nghiệm, trong khi vẫn giữ được cấu trúc hình học của các axit amin và các peptit.
ARIA là một chương trình được phát triển trong những năm gần đây như chương trình tự động phân tích các dữ liệu NMR. Nó làm tăng tốc viêc phân tích các dữ liệu thực nghiệm khác bằng cách quy về NOESY quang phổ. ARIA cũng là một hệ thống hiệu chuẩn của Noe (Linge et al, 2001).
Sự mô phỏng các cấu trúc ở nhiệt độ cao cho phép nghiên cứu các cấu trúc đó mà không cần đưa cả hệ đến nhiệt độ yêu cầu. Phương pháp này cho phép tạo ra cấu trúc để ổn định trước mọi sự thay đổi nhiệt độ. Các cấu trúc ứng với năng lượng thấp nhất được lưu giữ cho phiên bản kế tiếp.
Hình 2-20: Sơ đồ đại diện cho tính toán động học phân tử của các cấu trúc mô phỏng luyện kim (MDSA) Hình từ www.bip.bham.ac.uk/osmart/bcm311_pef/slide27.html.
Trong một tính toán của cấu trúc ba chiều NMR, các cấu trúc được tạo ra được chồng lên để xác định chất lượng và độ chính xác. Cấu trúc khác cũng tương tự, cộng với giá trị của RMSD. RMSD có thể được tính trên mạch, các nguyên tử nặng (C, O, N, S) hoặc các phần khác nhau của chuỗi protein. RMSD được tính toán bằng cách sử dụng phương trình sau đây.
Phương trình 4: Phương trình của RMSD .N là số lượng mẫu. r i và r i ‘ đại diện cho cấu trúc. Các vùng N-cuối và C-cuối của protein thường có cấu cho RMSD cao hơn. Loops (vùng giữa hai cấu trúc thứ cấp) thường có một khu vực cao hơn RMSD và có cấu trúc như xoắn α và các tấm beta.
Tài liệu tham khảo :
http://archimede.bibl.ulaval.ca/archimede/fichiers/21738/
http://glycobase.univ-lille1.fr/documents/livreRMN.PDF
http://www.cours-medecine.info/biochimie/structure-proteines.html Công cụ hỗ trợ:
https://www.google.com.vn/ http://translate.google.com.vn/