PGP hoặc S/MIME giải quyết được nhiều vấn đề về bảo mật email, tuy nhiên chúng lại đặt ra một vấn đề khác: đó là khả năng tương thích lẫn nhau. Bạn không thể gửi một email được gọi là an toàn nếu bạn sử dụng chuẩn PGP còn người nhận lại sử dụng S/MIME.
PGP là một chuẩn của Internet từ năm 1997 (OpenPGP – RFC 2440) và PGP mã hóa gần như 90% lượng email được mã hóa trên toàn Internet. Do đó, có thể nói PGP tương thích với đa số người dùng. Tuy nhiên, người dùng lại
thích sử dụng S/MIME hơn(ví dụ chương trình email client Microsoft Outlook cho phép cấu hình cả hai chuẩn PGP và S/MIME và nhiều chương trình email client khác hỗ trợ S/MIME hơn là PGP). Hơn thế nữa, việc tiếp cận và bắt đầu với S/MIME cũng dễ dàng và rẻ hơn là PGP.
Một vấn đề về tương thích nữa là “trao đổi khóa” (key exchange). Nếu bạn muốn gửi đi một email đã được mã hóa, thứ đầu tiên mà cần phải có đó là pulic key của họ. Nếu người nhận muốn biết ai đã gửi email cho họ, họ cũng cần phải có pulic key của người gửi để xác nhận danh tính người gửi. Có rất nhiều cách để trao đổi các pulic key cho nhau. PGP cho phép trao đổi khóa thông qua một server trao đổi khóa mà nó cung cấp. Khi đó, bạn chỉ việc truy cập vào server và download pulic key mà bạn muốn. Tuy nhiên, không phải ai cũng có PGP pulic key trên PGP server, vì có thể họ lại sử dùng cơ chế S/MIME để trao đổi khóa. Do đó, vấn đề trao đổi khóa cũng là một trở ngại cho việc tương thích giữa PGP và S/MIME.