2.1 Về đối tượng không chịu thuế: Cần xác định rõ mục tiêu của việc ban hành Luật thuế này là đảm bảo nguồn thu, tính hiệu quả của công tác quản lý thuế, chứ không nên kết hợp nhiều mục tiêu quá như: cả đảm bảo nguồn thu, vừa đảm bảo chính sách kinh tế, ngành vùng, lãnh thổ, vừa thực hiện chính sách xã hội. Có những trường hợp việc liệt kê vào đối tượng không chịu thuế gây bất lợi cho doanh nghiệp sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT vì không được khấu trừ thuế đầu vào. Để đảm bảo tính liên hoàn của thuế GTGT và đảm bảo môi trường pháp lý bình đẳng giữa các thành phần kinh tế, Luật thuế GTGT cần tránh đặc ân đối với nhiều ngành nghề, lĩnh vực kinh doanh. Nên quy định: sản phẩm là bộ phận nhân tạo dùng để thay thế cho bộ phận cơ thể người bệnh, nạng, xe lăn và dụng cụ chuyên dùng khác cho người tàn tật thuộc vào diện chịu thuế suất 0% vì các cơ sở sản xuất các
sản phẩm như nạng, xe lăn và dụng cụ chuyên dùng khác được khấu trừ đầu vào sẽ kích thích đầu tư phát triển sản xuất kinh doanh, hạ giá thành sản phẩm, tạo điều kiện cho cá nhân có hoàn cảnh đặc biệt được hưởng lợi từ quy định này. Ngoài ra, phải loại bỏ hàng hoá dịch vụ của cá nhân kinh doanh có mức thu nhập bình quân tháng thấp hơn mức lương tối thiểu của công chức nhà nước khỏi danh mục không chịu thuế GTGT. Vì thuế GTGT được xác định trên cơ sở hàng hoá dịch vụ khi tiêu dùng, bán ra chứ không dựa trên thu nhập của chủ thể kinh doanh hàng hoá dịch vụ. Đây không phải là đối tượng thuộc sự điều chỉnh của Luật thuế GTGT. Nếu đưa đối tượng này vào sẽ vừa gây phức tạp trong quản lý thuế vừa không phù hợp với thông lệ quốc tế.
2.2, Về thuế suất: Để đảm bảo tính trung lập của thuế và tính thống nhất trongáp dụng, cần quy định 1 mức thuế suất 10% bên cạnh mức thuế suất 0%. Quy định áp dụng, cần quy định 1 mức thuế suất 10% bên cạnh mức thuế suất 0%. Quy định như vậy sẽ tạo sự thuận lợi cho công tác quản lý thuế và tạo mặt bằng pháp lý giữa các hoạt động kinh tế. Đa số các mặt hàng hiện nay cũng áp mức thuế suất thuế GTGT 10% nên quy định như vậy sẽ không gây sự xáo trộn thị trường giá cả, vẫn đảm bảo nguồn thu cho ngân sách nhà nước.
Luật nên xác định các đối tượng chịu thuế suất 0%, sau đó áp dụng phương pháp loại trừ để quy định đối tượng còn lại áp dụng thuế suất 10% mà không nhất thiết phải liệt kê. Nếu sử dụng phương pháp liệt kê có thể dẫn tới tình trạng bỏ sót đối tượng.
Cơ chế nhiều thuế suất dễ tạo cơ hội cho sự nhập nhằng và tuỳ tiện khi vận dụng, trốn lậu thuế, tăng chi phí kiểm soát, thanh tra thuế, giảm tính hiệu quả của thuế.
2.3, Về phương pháp tính thuế: Luật thuế GTGT hiện hành quy định haiphương pháp tính thuế GTGT là khấu trừ thuế và tính trực tiếp trên GTGT. Điều phương pháp tính thuế GTGT là khấu trừ thuế và tính trực tiếp trên GTGT. Điều này đã và sẽ lại dẫn đến sự bất bình đẳng giữa các cở sở kinh doanh khi cùng tham gia thị trường nhưng lại có cách tính thuế và hưởng chế độ khấu trừ khác nhau. Thêm vào đó, phương pháp tính trực tiếp trên GTGT không phải là phương pháp dùng để tính và thu thuế trong thực hành thuế. Đây chỉ là thể hiện cách tiếp cận khoa học trong nghiên cứu nhằm chỉ rõ thuế GTGT là loại thuế đánh vào phần giá trị tăng thêm mỗi khi có GTGT xuất hiện. Phần lớn các cơ sở kinh doanh đang áp dụng phương pháp tính trực tiếp này đều không thực hiện tốt chế độ kế toán, hoá
đơn, chứng từ. Do vậy, trong thực tiễn các cơ quan thuế thường xác định GTGT thông qua việc ấn định tỷ lệ GTGT hoặc ấn định doanh thu. Có trường hợp do xác định GTGT khá cao, dẫn đến mức nộp thuế GTGT trên doanh thu thực tế của doanh nghiệp sẽ gặp khó khăn, nên các cơ sở kinh doanh có xu hướng kê khai doanh thu thấp hơn thực tế rất nhiều để trốn thuế. Như thế, thuế GTGT chỉ tồn tại về mặt lý thuyết. Vì vậy, theo em, nên bỏ phương pháp tính thuế trực tiếp trên GTGT và có thể cho áp dụng sớm ngưỡng thu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh có doanh thu đến một mức doanh thu nhất định nào đó mới áp dụng thuế GTGT và chỉ áp dụng thống nhất phương pháp khấu trừ thuế. Đối tượng kinh doanh dưới ngưỡng doanh thu này sẽ không áp dụng thuế GTGT mà chuyến sang nộp thuế theo một tỷ lệ cố định trên doanh thu 1%, 2% chẳng hạn theo từng loại hình kinh doanh.
2.4, Về khấu trừ thuế và hoàn thuế: Quy định về khấu trừ thuế phải làm saođể bảo đảm tính liên hoàn, trung lập, kinh tế cao của thuế GTGT. Các đối tượng nộp để bảo đảm tính liên hoàn, trung lập, kinh tế cao của thuế GTGT. Các đối tượng nộp thuế thường lợi dụng cơ chế khấu trừ thuế nhằm lẩn tránh nghĩa vụ nộp thuế GTGT. Vì vậy, việc quy định về các điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào là rất cần thiết. Đặc biệt, cần có điều kiện về chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hoá dịch vụ mua vào, trừ các trường hợp đặc biệt và hàng hoá dịch vụ mua từng lần có giá trị thấp. Thêm vào đó, nên làm rõ mua bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ ở mức bao nhiêu thì mới cần thiết phải có chứng từ qua ngân hàng và đòi hỏi phải có các hoạt động đầu tư sản xuất, kinh doanh phải có thực trên thực tế. Bởi lẽ trong thực tiễn hoạt động của các doanh nghiệp, việc mua bán khống hàng hoá là câu chuyện vẫn xảy ra. Ngoài ra, trong quá trình hoàn thiện Luật thuế GTGT, việc loại trừ dần đối tượng được hoàn thuế như: hoá đơn bán hàng thông thường, hàng hoá nông lâm thuỷ hải sản... lập bảng kê, không có hoá đơn chứng từ v.v... để giảm thiểu các trường hợp gian lận trong hoàn thuế GTGT, đảm bảo được mục tiêu yêu cầu của việc hoàn thuế, là vô cùng quan trọng.