Mặc dù thừa hưởng những đặc tính của hệ thống UNIX và khá an ninh hơn một số hệ điều hành khác, hệ thống GNU/Linux hiện nay vẫn tồn tại những nhược điểm sau:
Quyền của user ‘root’ có thể bị lạm dụng. User ‘root’ có thể dễ dàng thay đổi bất kỳ điều gì trên hệ thống.
Nhiều file hệ thống có thể dễ dàng bị sửa đổi. Nhiều file hệ thống quan trọng như /bin/login có thể bị sửa đổi bởi hacker để cho phép đăng nhập không cần mật khẩu. Nhưng những file loại này lại hiếm khi nào thay đổi trừ khi nâng cấp hệ thống.
Các module có thể được dùng để chặn kernel. “Loadable Kernel Module” là một thiết kế tốt để tăng cường tính uyển chuyển, linh hoạt cho kernel. Nhưng sau khi một module được nạp vào kernel, nó sẽ trở thành một phần của kernel và có thể hoạt động như kernel nguyên thủy. Vì vậy, các chương trình với mục đích xấu có thể được viết dạng module và nạp vào kernel, rồi sau đó hoạt động như một virus.
Các process không được bảo vệ. Các process như web server có thể trở thành mục tiêu bị tấn công của hacker sau khi thâm nhập hệ thống.
Để cải thiện tính an ninh cho các server Linux, chúng ta cần có một kernel an toàn hơn. Điều này có thể thực hiện được bằng cách sửa đổi kernel nguyên thuỷ bằng các ‘patch’ ( miếng vá )tăng cường tính an ninh cho hệ thống. Các patch này có các tính năng chính yếu sau:
Bảo vệ – Bảo vệ các file hệ thống quan trọng khỏi sự thay đổi ngay cả với user root. Bảo vệ các process quan trọng khỏi bị ngừng bởi lệnh ‘kill’. Chặn các tác vụ truy cập IO mức thấp (RAW IO) của các chương trình không được phép. Phát hiện – Phát hiện và cảnh báo với người quản trị khi server bị scan. Cũng như khi có các tác vụ trên hệ thống vi phạm các luật (rules) định trước. Đối phó – Khi phát hiện sự vi phạm trên hệ thống, các ghi nhận chi tiết sẽ được thực hiện cũng như có thể ngừng lập tức phiên làm việc gây ra .