Từ thực trạng nghiên cứu, điều tra cơ bản; tình hình khai thác, sử dụng tài nguyên thiên nhiên và các vấn đề môi trường như đã phân tích ở trên đã cho thấy một số vấn đề lớn cần được quan tâm giải quyết trong giai đoạn tới là:
- Hiểu biết về biển chưa đầy đủ, thiếu toàn diện; thông tin, dữ liệu về biển còn thiếu, phân tán, không đồng bộ, chưa được quản lý thống nhất, cơ chế cung cấp, chia sẻ chưa hợp lý;
- Chưa thực hiện phân vùng chức năng các vùng biển nên còn xảy ra xung đột giữa khai thác, phát triển kinh tế với bảo vệ, bảo tồn, thậm chí xung đột đến mức gay gắt ở một số nơi cùng với việc thiếu quy hoạch tổng thể nên không gian phát triển vùng ven biển nhiều nơi bị bó hẹp, hạn chế độ mở ra biển, thiếu sự kết nối với không gian biển khơi, khu vực và toàn cầu;
- Đất đai, tài nguyên vùng ven biển, trên các đảo bị khai thác, sử dụng chưa hiệu quả và thiếu bền vững ở nhiều địa phương; nguồn lợi hải sản, một số tài nguyên bị khai thác quá mức, đang bị cạn kiệt, suy thoái nhanh;
- Các hệ sinh thái đất ngập nước ven biển, rừng ngập mặn, các rạn san hô, thảm cỏ biển bị thu hẹp diện tích, xuống cấp về chất lượng, nhiều loài sinh vật biển bị đe dọa tuyệt chủng, đa dạng sinh học biển trên đà suy thoái nhanh; hệ thống các khu bảo tồn thiên nhiên trên biển chậm được thiết lập, một số khu bảo tồn đã có nhưng chưa được quan tâm đầu tư và quản lý đúng mức;
- Nguồn thải từ đất liền ngày càng lớn, ô nhiễm trên biển gia tăng, sự cố môi trường xảy ra thường xuyên hơn, ô nhiễm xuyên biên giới đang tác động mạnh đến các vùng biển nước ta, một số khu vực đã bị ô nhiễm đến mức báo động;
- Tài nguyên và môi trường biển, đặc biệt là các hệ sinh thái biển tiếp tục chịu áp lực lớn từ phát triển kinh tế biển, kinh tế - xã hội vùng ven biển, từ biến đổi khí hậu và nước biển dâng.