Sau những năm phát triển mạnh mẽ, từ năm 1997 đầu tư trực tiếp nước ngoài vào Việt Nam có biểu hiện suy giảm, nhất là đến các năm 1998, 1999 thì xu hướng giảm đó càng rõ rệt hơn. Nếu so với năm 1997 số dự án được duyệt của năm 1998 chỉ bằng 79,71%; năm 1999 chỉ bằng 80,58%. Số liệu tương ứng của vốn đăng ký là 83,83% và 30,01%. Quy mô dự án theo vốn đăng ký bình quân của năm 1999 nhỏ đi một cách đột ngột và ở mức thấp nhất từ trước đến nay (5,52 triệu USD / dự án), bằng 41,19% quy mô bình quân của thời kỳ 1988-1999.
• Kinh tế Mỹ, Nhật, Tây Âu đang phục hồi sau một thời gian suy thoái đã thúc đẩy các chủ đầu tư trên thế giới đưa trên 70% tổng số vốn FDI vào các nước công nghiệp phát triển. Các nước đang phát triển cạnh tranh gay gắt với nhau để thu hút 30% lượng vốn FDI còn lại, nhất là khu vực Đông Nam Á, Trung Quốc và Ấn Độ. Môi trường đầu tư của Việt Nam chưa phải là hấp dẫn so với các nước khác dẫn tới thu hút FDI gặp khó khăn.
• Ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng tài chính tiền tệ khu vực Châu Á. • Việc Việt Nam gia nhập ASEAN, cùng xây dựng AFTA thống nhất vào năm 2006, khiến cho các nhà đầu tư nước ngoài phải tính toán: nếu môi trường đầu tư ở Việt Nam chưa hấp dẫn thì có thể đầu tư vào các nước thành viên khác của ASEAN, vốn có môi trường đầu tư tốt và quen thuộc hơn, hoặc mở rộng quy mô, năng lực sản xuất tại các cơ sở hiện có của họ tại các nước này, sau đó thâm nhập vào thị trường Việt Nam bằng con đường thương mại.
• Việt Nam chưa phải thành viên của Tổ chức thương mại quốc tế (WTO), chưa được hưởng chế độ Tối huệ quốc của Mỹ, cũng là trở ngại cho các nhà đầu tư nước ngoài xây dựng cơ sở sản xuất hàng xuất khẩu tại Việt Nam.
• Sau hơn mười năm kể từ ngày ban hành, Luật đầu tư nước ngoài của Việt Nam đã thay đổi hai lần và chi tiết thi hành luật đầu tư thay đổi 4 lần, đặc biệt chủ trương gần đây của Chính phủ điều chỉnh chính sách để đầu tư nước ngoài hướng mạnh vào xuất khẩu, tăng tỷ lệ góp vốn của bên Việt Nam, quản lý chặt việc chuyển đổi ngoại tệ...khiến cho dư luận nước ngoài đánh giá chính sách đầu tư thiếu ổn định và nhất quán, việc thắt chặt các điều kiện đầu tư không phù hợp với thông lệ quốc tế .
• So với các nước trong khu vực, thuế lợi tức và giá nhân công của Việt Nam thấp nhưng cường độ lao động và kỹ năng lao động của người Việt
Nam cũng thấp, giá thuê dịch vụ văn phòng, cước phí viễn thông cao, chi phí đền bù và giải toả mặt bằng lớn.
• Còn có quá nhiều lệ phí (theo thống kê chưa đầy đủ, hiện có khoảng 200 loại lệ phí đang thực hiện, một số lệ phí thậm chí còn cao hơn thuế) gây cho nhà đầu tư cảm giác mình phải đóng quá nhiều thuế. Mức thuế xuất nhập khẩu ở nhiều khâu bất hợp lý gây thiệt hại cho các doanh nghiệp. Thủ tục hải quan không rõ ràng, tùy tiện áp mã số để tính thuế.
• Thủ tục triển khai dự án phức tạp, kéo dài nhất là khâu cấp đất, giải phóng mặt bằng, xét duyệt và sửa chữa thiết kế, thủ tục hải quan, đăng ký các loại hình kinh doanh sau giấy phép.
• Việc chưa cho phép các doanh nghiệp ngoài quốc doanh được góp vốn bằng quyền sử dụng đất đai hợp pháp cũng hạn chế khả năng thu hút vốn đầu tư FDI.
• Quản lý đầu tư nước ngoài thiếu thống nhất, mỗi địa phương có lệ riêng, thêm vào đó là nạn tham nhũng, khiến các nhà đầu tư nước ngoài không lường hết các khó khăn khi triển khai dự án đầu tư tại Việt Nam.
• Thiếu một quy hoạch thu hút vốn đầu tư thống nhất theo ngành và theo lãnh thổ để hướng dẫn đầu tư, khiến nhiều dự án được cấp phép vào các ngành hàng còn dư thừa công suất, khâu triển khai sau giấy phép gặp khó khăn, nhiều dự án hoạt động kém hiệu quả.
• Chính sách hai giá trong một số dịch vụ đối với người nước ngoài và Việt Nam khiến cho nhà đầu tư cảm thấy bị đối xử không công bằng.
• Nhiều địa phương còn có tiềm năng lợi thế thu hút FDI nhưng cơ sở hạ tầng yếu kém nên không hấp dẫn các nhà đầu tư.
• Năng lực của những người thi hành luật như: hải quan, thuế vụ còn yếu, cán bộ quản lý bên phía Việt Nam tham gia các dự án liên doanh trình độ
hạn chế. Đây cũng là những yếu tố ảnh hưởng xấu đến môi trường đầu tư của Việt Nam.
Thiếu nhiều luật cần thiết để đảm bảo cơ sở pháp lý vững chắc cho quá trình đầu tư như: Luật ngân hàng, luật bảo hiểm, luật cạnh tranh...