4. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài
3.3.4.4 Thống kê virus cúm của Việt Nam
Nhằm tạo thuận lợi cho các nhà làm công tác thống kê và quản lý. Hệ thống đã xây dựng chức năng cho phép người dùng thực hiện thống kê theo dạng biểu đồ trên nền
Web Browser. Các chức năng này chỉ có trên hệ thống của IVDBVN.
a) Thống kê số lượng trình tự phân bố theo Tỉnh thành phố
Việc phân bố virus cúm theo tỉnh thành phố được dựa vào thuộc tính country trong
nội dung của tập tin trình tự. Chẳng hạn như, với country=”Viet nam: Hai Phong” thì trình tự này được lấy mẫu từ Hải Phòng, Việt Nam. Biểu đồ này cho chúng ta biết Hà Nội là thành phố có nhiều trình tự virus nhất ở Việt Nam. Chức năng
b) Thống kê số lượng trình tự phân bố theo chủng
Để thực hiện được chức năng thống kê theo dạng này, hệ thống sử dụng các thuộc tính
Serotype, Subtype, VirusName, Organism, Strain và Accession của trình tự virus cúm.
Biểu đồ này cho chúng ta biết chủng virus cúm chủ yếu ở Việt Nam là H5N1, trong khi chủng virus cúm chủ yếu của thế giới là H1N1.
Động vật chủ Civet (cầy hương) chỉ có duy nhất ở Việt Nam. Động vật chủ là Environment có nghĩa là virus cúm của Việt Nam được tìm thấy trong môi trường không khí. Điều này cho chúng ta biết là mức độ lây nhiễm của của virus cúm (nếu có
dịch) ở Việt Nam là rất cao. Ngoài ra, so với biểu đồ thống kê của thế giới ta thấy có sự
khác biệt vì đa số các virus cúm của thế giới đều có động vật chủ là người (Human) trong khi ở Việt Nam là gia cầm (Avian).
d) Thống kê số lượng trình tự theo kiểu gene
Các loại gene có trong các loại virus gồm có: HA;HE; MP; NA; NP; NS; P3; PA; PB1; PB2. Trong Nucleotide, số thứ tự phân đoạn (segment) của các gene phụ thuộc vào loại
virus. Bảng sau cho chúng ta thông tin về các loại gene virus và số phân đoạn của nó.
Bảng 3.2: Các loại gene của Virus cúm
Loại virus Các loại gene
Cúm A 1-PB2, 2-PB1, 3-PA, 4-HA, 5-NP, 6-NA, 7-MP, 8-NS Cúm B 1-PB1, 2-PB2, 3-PA, 4-HA, 5-NP, 6-NA, 7-MP, 8-NS Cúm C 1-PB2, 2-PB1, 3-P3, 4-HE, 5-NP, 6-MP, 7-NS
Biểu đồ này cho chúng ta biết kiểu gene chủ yếu của virus cúm ở Việt Nam là HA (hemagglutinin). Kiểu gene này củng chính là kiểu phổ biến nhất của virus cúm.
e) Thống kê số lượng trình tự đã được thu thập và công bố theo năm
Trong một tập tin trình tự Nucleotide của virus, dòng LOCUS sẽ lưu trữ thông tin về
ngày công bố trình tự lên ngân hàng dữ liệu quốc tế tại vị trí 69 đến 79, còn thuộc tính
collection_date sẽ lưu trữ thông tin ngày thu thập trình tự. Ví dụ trình tự có số
accession là CY081040 sẽ có thông tin:
LOCUS CY081040 1522 bp cRNA linear VRL 16-MAR-2011
/collection_date="06-Mar-2010"
Hệ thống dựa vào các thông tin này và kết hợp các thuộc tính country, accession để có được biểu đồ trên. Thông qua biểu đồ này, chúng ta thấy tình hình dịch cúm A/H5N1 ở
Việt Nam nặng nhất là vào các năm 2008, 2009. Biểu đồ còn cho chúng biết là tỉ lệ
công bố và thu thập trình tự virus cúm của hai năm liên tiếp có độ lệch là khá lớn. Ví
dụ: năm 2005 có 59/809; 2006 có 754/72; 2007 có 56/822;... Năm 2008, 2009, 2010 là những năm có số lượng cống bố rất lớn. Năm 2009 chính là năm mà tổ chức Y tế thế