Đối với tình trạng trùng lặp về thẩm quyền quyết định dự toán, xét duyệt, phê chuẩn quyết toán của quốc hội và HĐND các cấp thì chúng ta có thể khắc phục thông qua giải pháp là Quốc hội quyết định và phân bổ dự toán Ngân sách TW (chi tiết cho từng Bộ, cơ quan Trung ương) và ước bổ sung từ Ngân sách TW cho Ngân sách từng tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, thông qua các báo cáo tổng hợp dự toán và quyết toán NSNN. HĐND các cấp quyết định dự toán Ngân sách cấp mình và mức bổ sung từ Ngân sách cấp mình cho Ngân sách cấp dưới (nếu có) phê chuẩn quyết toán NSĐP. Riêng HĐND cấp tỉnh được giao quyền quyết định nguồn thu, nhiệm vụ chi cho từng cấp Ngân sách ở địa phương và ban hành một số chế độ thu, chi Ngân sách theo quy định của pháp luật.
Để khắc phục hạn chế trong phân cấp hệ thống quản lý NSNN, tạo thế chủ động và khuyến khích thế mạnh của địa phương thì đề nghị là giảm số lượng các khoản thu phân chia giữa các cấp Ngân sách, đồng thời tăng các khoản thu 100% cho địa phương, quy định cụ thể tỷ lệ % phân chia giữa các
NSĐP hưởng 20%, còn 80% là của NSTW…). Rà soát lại các nhiệm vụ chi giữa NSTW và NSĐP trên cơ sở phân cấp quản lý về kinh tế xã hội; phân loại nhiệm vụ chi giữa các cấp chính quyền theo 3 nhóm: nhóm NSTW đảm nhận 100%, nhóm NSĐP đảm nhận 100% và nhóm liên đới giữa NSTW và NSĐP. Làm như vậy một mặt sẽ tạo điều kiện thống nhất phân cấp nguồn thu giữa các tỉnh, thành phố trong cả nước (mỗi khoản thu phân chia thì các tỉnh, thành phố đều được hưởng một tỷ lệ như nhau) mặt khác phân cấp nhiệm vụ chi phù hợp với tình hình thực tế từng địa phương, đảm bảo tính độc lập tương đối của các cấp Ngân sách, qua đó tăng cường tính chủ động, linh hoạt, sáng tạo cho NSĐP trong việc khai thác nguồn thu và phân bổ chi tiêu có hiệu quả hơn.
Đối với hệ thống định mức, tiêu chuẩn chi tiêu NSNN hiện nay còn chưa phù hợp thì nên phân cấp, phân quyền cho địa phương được phép ban hành một số chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi Ngân sách với những yêu cầu và điều kiện nhất định do Trung ương quy định. Chính phủ cần thống nhất quản lý việc ban hành các chế độ tiêu chuẩn định mức bao gồm các định mức do Trung ương ban hành, các định mức do Trung ương quy định khung, giao HĐND cấp tỉnh quyết định cụ thể phù hợp với đặc điểm địa phương, các định mức chi đặc thù của địa phương do địa phương tự sắp xếp trong cân đối NSĐP.
Việc quy trình lập dự toán cũng như thủ tục cấp phát Ngân sách còn rườm rà cần có nhiều giải pháp đồng bộ nhưng trước hết phải tăng cường công tác dự báo thu NSNN trên cơ sở các chi tiêu kinh tế vĩ mô như GDP chi tiết theo từng khu vực, từng ngành kinh tế quốc dân: công nghiệp, nông nghiệp, thương mại, dịch vụ… kim ngạch xuất khẩu, chỉ số giá, tỷ giá,… dự kiến ảnh hưởng tăng, giảm cụ thể của từng chính sách thu, trên cơ sở đó dự kiến khả năng thu NSNN năm sau. Cũng có thể căn cứ vào GDP năm kế hoạch và dự kiến tỷ lệ động viên GDP vào NSNN năm kế hoạch để dự báo số thu Ngân sách năm sau. Đồng thời phải đổi mới quy trình, cách thức, nội dung và yêu cầu lập dự toán chi theo hướng giảm bớt các đầu mối, thủ tục rườm rà, cấp dưới phải có trách nhiệm lập dự toán chi sát với khả năng thu, tăng cường trách nhiệm và quyền hạn của thứ trưởng đơn vị chuẩn chi; cơ quan tài chính không làm xét duyệt dự toán chi, hàng tháng, hàng quý phải thẩm định trên những nguyên tắc tổng thể.
Từng bước mở rộng và khai thác nguồn thu cho Ngân sách, tăng cường chống thất thu cho Ngân sách, đặc biệt là đối với thuế và phí. Kiện toàn chính sách thuế theo hướng giảm số lượng thuế suất, hạn chế ưu đãi, miễn giảm thuế, mở rộng phạm vi và đối tượng nộp thuế, thực hiện công bằng về thuế. Mở rộng hình thức thu nộp các khoản thu NSNN trực tiếp vào kho bạc Nhà nước, đề cao vai trò kiểm tra kiểm tra, kiểm soát thu NSNN của các cơ quan thuế, hải quan và kho bạc Nhà nước.
Đổi mới và hoàn thiện cơ cấu chi Ngân sách phù hợp với chiến lược phát triển kinh tế xã hội, phân bổ sử dụng Ngân sách phải cân nhắc, phối hợp với các nguồn lực tài chính của toàn xã hội. Để đảm bảo hiệu quả, chi NSNN cần: Tập trung đầu tư phát triển các công trình hạ tầng cơ sở không có khả năng thu hồi vốn trực tiếp nhưng có vai trò quan trọng phát triển kinh tế, mở rộng thị trường. Hỗ trợ đầu tư để chuyển dịch cơ cấu kinh tế, chuyển dịch lao động theo hướng CNH-HĐH và khuyến khích xuất khẩu. Tập trung ưu tiên chi cho giáo dục đào tạo, nghiên cứu triển khai ứng dụng, khoa học công nghệ, xoá đói giảm nghèo.
Tiếp tục hoàn thiện cơ chế quản lý và điều hành Ngân sách. Hoàn thiện cơ chế phân cấp quản lý Ngân sách theo hướng tăng cường hơn quyền hạn và trách nhiệm của chính quyền địa phương các cấp trong quản lý và phân bổ Ngân sách, tạo thế chủ động cho Ngân sách địa phương. Hoàn thiện hệ thống tiêu chuẩn, định mức, chế độ chi NSNN làm cơ sở dự toán và kiểm tra, kiểm soát chi một cách có hiệu quả. Cải tiến từng bước quá trình lập dự toán theo hướng giảm đầu mối trung gian, tránh chồng chéo. Thực hiện nghiêm chỉnh chế độ công khai tài chính ở các cấp Ngân sách và đơn vị dự toán Ngân sách.