Triển khai các luật thuế mới được thiết kế trên cơ sở số thuế GTGT đảm bảo tương đương số thuế doanh thu, thuế thu nhập doanh nghiệp giảm gái 2000 tỷ để thực hiện chính sách ưu đãi về thuế suất, về miễn giảm thuế để khuyến khích đầu tư. Thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao giảm để nâng mức khởi điểm chịu thuế và biể thuế của người trong nước và người nước ngoài. Phí, lệ phí giảm do thực hiện Nghị đinh 04 của Chính phủ nhiều khoản thu về phí, lệ phí phải cắt bỏ hoặc điều chỉnh giảm mức thu. Để đảm bào thực hiện số dự toán thu năm 1999, Quốc hội giao, đảm bảo yêu cầu chi của Ngân sách Trung ương cũng như Ngân sách địa phương, Chính phủ đã báo cáo Quốc hội cho áp dụng cơ chế điều hanh ngân sách năm 1999. Đối với những địa phương bị hut thu phần điều tiết cho ngân sách địa phương do tác động của thuế GTGT thì được Trung ương bù đủ, nếu thu vượt được hưởn 50% đối với số thu so với dự toán. Nguồn hoàn thuế do ngân sách
Trung ương bố trí, không lấy từ ngân sách Nhà nước.
Cơ chế trên cũng tạo sự yên tâm và quan tâm tích cực của các địa phương trong công tác chỉ đạo điều hành ngân sách nói chung, thu nói riêng. Mặt khác, do cơ chế chính sách được điều chỉnh, sửa đổi phù hợp hơn cũng góp phần thúc đẩy sản xuất, kinh doanh đối với các doanh nghiệp. Công tác chỉ đạo quản lý thu cũng chặt chẽ và tiến bộ nên kết quả thu năm 1999 đạt được dự toán Quốc hội thông qua. Tổng thu ngân sách Nhà nước ước đạt 106,8% so với dự toán. Số thu từ thuế và phí đạt 105,7% dự toán năm. Riêng số thu từ thuế GTGT thu đợc 16.590 tỷ đồng sau khi trừ số thuế phải hoàn, số còn lại tương đương với doanh thu tính theo mặt hàng năm 1999.
Xét theo địa phương thì có 61/61 tinh, thành phố đều hoàn thành và hoàn thành vượt mức dự toán năm nên khả năng các địa phương được thưởng lơn. Trong đó có 22/61 địa phương hoàn thành toàn diện cả ba chỉ tiêu chủ yếu là thu từ khu vực doanh nghiệp Nhà nước, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và khu vực ngoài quốc doanh. Số địa phương hụt về thuế GTGT ngân sách Trung ương phải bù thêm chỉ có 14 địa phương và số phải bù cung không lớn.
Tuy nhiên, tỷ lệ động viên thuế cà phí trên GDP của năm 1999 thấp (17,6%) chưa đạt mức độ động viên theo Nghị quyết đại hội Đảng toàn quốc đã đề ra la 20% đến 21% GDP.