Trải qua 15 năm hoạt động BHYT đã đạt đợc những thành tựu to lớn, góp phần thực hiện đờng lối của Đảng, phát triển kinh tế đi đôi với thực hiện tiến bộ và công bằng xã hội.
Năm 1993 - năm đầu tiên thực hiện BHYT có 3,7 triệu ngời tham gia, chiếm 5,4% dân số và BHYT tự nguyện chỉ có 320.000 ngời thì đến năm 2006 số ngời tham gia BHYT đạt hơn 36,78 triệu ngời, chiếm khoảng 42% dân số, tăng gấp 1,58 lần năm 2005; số ngời tham gia BHYT tự nguyện là 11,1 triệu ngời.
Quỹ BHYT cũng tăng nhanh, từ chỗ chiếm một tỉ lệ nhỏ trong tổng chi y tế, cho đến nay quỹ luôn chiếm 1/3 NSNN dành cho y tế và chiếm tỉ trọng xấp xỉ 50-60% NSNN dành cho khám chữa bệnh tại một số địa phơng. Tổng thu ớc tính của quỹ BHYT năm 2006 khoảng 4.812 tỷ, tăng gần 1800 tỷ so với năm 2005; tổng thu từ BHYT tự nguyện chiếm khoảng 15,5% tổng thu của quỹ trong khi số đối tợng tham gia BHYT tự nguyện chiếm hơn 30% trong tổng số ngời tham gia BHYT.
Tuy nhiên một thực trạng đáng lo ngại đối với quỹ BHYT hiện nay là cơ chế quản lý quỹ và chi trả BHYT cha nhất quán dẫn đến hậu quả: khi “đóng” thì quá chặt (trong vòng 12 năm đã kết d 2.000tỷ đồng) nhng đến khi mở thì lại quá “lỏng” dẫn đến chỉ trong 1-2 năm quỹ đã thâm hụt nghiêm trọng.
Bội chi quỹ BHYT chủ yếu diễn ra ở khu vực BHYT ngời nghèo và BHYT tự nguyện: năm 2005 quỹ BHYT tự nguyện âm 264 tỷ (bằng hơn 1,5
lần số thu đợc sử dụng trong năm tài chính). Đến năm 2006 cả nớc có 9,6 triệu ngời tham gia BHYT tự nguyện với mức đóng góp 587 tỷ đồng. Trong thời gian này có gần 2 triệu ngời tham gia BHYT tự nguyện đi khám chữa bệnh và quỹ đã bội chi đến 900 tỷ đồng.
Theo báo cáo thì hầu hết quỹ BHYT tự nguyện tại các địa phơng đều bị thâm hụt, cụ thể nh:
o TPHCM: 6 tháng đầu năm 2006, số chi thực tế gấp 10 lần số quỹ khám chữa bệnh với hơn 122,45 tỷ đồng, trong đó chi riêng BHYT tự nguyện đã vợt trên 102 tỷ đồng.
o Bình Định: năm 2006 là năm có số bội chi quỹ BHYT theo tỉ lệ lớn nhất cả nớc. Bình quân mức đóng BHYT tự nguyện chỉ là 67.000đ/ngời, tổng thu của BHYT tự nguyện là 24,6 tỷ đồng nhng phải chi cho khám chữa bệnh là 59,6 tỷ đồng.
o Bình Thuận: BHYT tự nguyện đợc triển khai từ cuối năm 2004, 6 tháng đầu năm 2006 số lợt ngời bình quân tham gia BHYT là 401.078 ngời, tổng chi phí 14,2 tỷ đồng, vợt quỹ 8,7 tỷ đồng trong đó riêng BHYT tự nguyện nhân dân vợt 710 triệu đồng.