Trong giai đoạn này kiểm toán viên sẽ trực tiếp sử dụng các thủ tục kiểm toán để thực hiện theo các phần hành cụ thể. Trình tự của một cuộc kiểm toán Báo cáo tài chính là đi ngược lại với trình tự của kế toán. Đầu tiên tiếp cận với hệ thống sổ sách của đơn vị. Ngày nay các đơn vị thường sử dụng các phần mềm kế toán, do đó các kiểm toán viên cần phải lấy được các thông tin cần thiết như sổ nhật ký chung, bảng cân đối phát sinh các tài
khoản, sổ tổng hợp đối ứng các tài khoản, sổ chi tiết các tài khoản... sau đó dựa trên các dữ liệu thu thập được, kiểm toán viên sẽ tiến hành thu thập thêm các bằng chứng hữu ích có liên quan, đồng thời thực hiện các thủ tục kiểm toán cần thiết trước khi đưa ra kết luận cuối cùng.
Các thủ tục kiểm toán được công ty áp dụng trong quy trình kiểm toán là: thủ tục kiểm soát, thủ tục phân tích và các thủ tục kiểm tra chi tiết. Trong đó, chủ yếu sử dụng các thủ tục kiểm tra chi tiết để thiết lập các bằng chứng và căn cứ cho cuộc kiểm toán.
Thực hiện thủ tục kiểm soát: rà soát tình hình kiểm soát nội bộ và rà soát đánh giá việc tuân thủ pháp luật.
Thực hiện các thủ tục phân tích: xem xét tính độc lập và tin cậy của các dữ liệu thông tin tài chính, nghiệp vụ bằng cách sử dụng các hệ số, tỷ suất tài chính, ước tính các giá trị ước tính và giá trị ghi sổ, phát hiện và tìm ra các nguyên nhân chênh lệch.
Thực hiện các thủ tục kiểm tra chi tiết : tuỳ từng phần hành và khoản mục mà chọn mẫu kiểm tra hay kiểm tra toàn bộ, sử dụng phương pháp kỹ thuật kiểm tra chi tiết để thực hiện kiểm tra đối với khoản mục đã chọn. Xác định chênh lệch và các biện pháp xử lý .
Kết thúc giai đoạn này là công việc đánh giá các phát hiện, đưa ra các bút toán điều chỉnh.