Mỗi cá thể trong GA sẽ thay mặt cho một bộ trọng số của mạng nơ-ron. Ở đây ta không cần phải phân biệt trọng số nào ở lớp nào mà ta chỉ cần trải tất cả các trọng số lên sơ đồ gen của nhiễm sắc thể.
a. Mã hoá nhị phân
Một phương pháp mã hoá nhiễm sắc thể khá nổi tiếng do Whitley cùng các đồng tác giả [21] đề xuất gọi là GENITOR. Có một số phiên bản của GENITOR, về cơ bản mỗi trọng số của mạng được mã hoá thành một chuỗi bit như trên hình dưới. Index-bit để chỉ ra rằng kết nối có tồn tại hay không (bằng 1 - có kết nối, bằng 0 – không có kết nối). Chuỗi bit nhị phân còn lại sẽ biểu diễn giá trị của trọng số. Whitley sử dụng 8-bit để mã hoá dải giá trị từ -127 đến +127 số 0 được mã hoá 2 lần. Với cách mã hoá này các toán tử đột biến, lai ghép thực hiện khá đơn giản. Tuy nhiên, muốn tăng độ chính xác của việc mã hoá cần phải tăng số bit mã hoá trên một trọng số. Do đó, chiều dài của nhiễm sắc thể sẽ tăng theo dẫn đến việc thực thi thuật toán sẽ chậm.
Hình 2.3 Mã hoá nhị phân trọng số theo phương pháp GENITOR
b. Mã hoá số thực
Montana D. và Davis L. [16] mã hoá trực tiếp các trọng số bằng các số thực là các giá trị của các trọng số. Điều này làm tăng độ chính xác của phép mã hoá cũng như giảm được kích thước của nhiễm sắc thể. Trong nghiên cứu của mình chúng tôi cũng sử dụng phương pháp này để thực hiện việc mã hoá trọng số của mạng. Các gen (trọng số) được khởi tạo ngẫu nhiên trong khoảng (-3, +3). Tuy nhiên với kỹ thuật mã hoá này ta cần thay đổi các toán tử lai ghép, đột biến cho phù hợp.
Hình 2.4 Ví dụ về phương pháp mã hoá trọng số bằng số thực