Thu thuế là một vấn đề mà bất kì quốc gia nào cũng quan tâm, tuy nhiên cơ chế đánh thuế trong TMĐT đang được xây dựng trên thế giới còn có qua nhiều quan điểm khác nhau.
TMĐT nếu không tạo ra các giao dịch vật chất thì liệu có cần thiếp lập thêm một loại thuế mới hay không? Với đặc điểm là không có điểm giao dịch, đặc biệt là các giao dịch xuyên quốc gia, thì chính phủ có thu thuế hay không và thu như thế nào, làm thế nào để tránh hình thành những khu “trốn thuế” trên mạng, đó là những vấn đề mà các cơ quan thuế của các nước đang hết sức quan tâm.
Trên nguyên tắc, cơ chế thuế đối với TMĐT hay thương mại phi điện tử đều phải dể quản lý, không nên chứa đựng những điều khoản dễ bị hiểu sai và dẫn đến phân biệt đối xử, Tổ chức Hợp tác và Phát triển kinh tế(OECD) đã đưa ra 8 quy định cơ bản đối với thuế TMĐT như sau:
1- Cơ chế thuế phải công bằng: trong các trường giao dịch như sau phải áp dụng các cách thu thuế như nhau đối với những người nộp thuế.
2- Cơ chế thuế phải đơn giản: chi phí hành chính cho cơ quan thu thuế và thủ tục phí đối với người nộp thuế phải ở mức thấp nhất.
3- Những quy định đối với người nộp thuế phải rõ rang, để có thể dễ dàng tính trước số thuế phải nộp khi giao dịch, người nộp thuế cần biết rõ nộp thuế cho cái gì, ở đâu và vào lúc nào.
4- Bảo đảm tính hưu hiệu: cơ chế thuế phải đảm bảo tính đúng số thuế vào đúng thời điểm phát sinh và hạn chế đến mức thấp nhất mọi khả năng trốn thuế, lậu thuế.
5- Không làm biến dạng nền kinh tế: những người quyết định chính sách cho doanh nghiệp phải chịu tác động chủ yếu của cơ hội kinh doanh chứ không phải là các điều khoản về thuế.
6- Cơ chế thuế phải linh hoạt, cơ động, làm cho các quy định về thuế cùng với kỉ thuật và TMĐT phát triển.
7- Cần kết hợp giữa các quy định về thu thuế trong nước với các biến động về cơ chế thuế hiện hành trên thế giới, bảo đảm cho việc thu thuế Internet giữa các nước là bình đẳng và cùng có lợi.
8- Xác định cơ sở thu thuế giữa các nước phát triển và các nước đang phát triển là vô cùng quan trọng.
Những ý kiến trên đây được coi là những ý kiến chỉ đạo cho việc thu thuế Internet công bằng và hiệu quả, mà không phải là một chính sách cụ thể về thuế. Làm thế nào để có thể sử dụng Internet làm cơ sở cho việc thu thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cũng sẽ là một thách thức lớn đối với việc quản lý thuế.
Hiện nay, ở Việt Nam chưa có bộ luật nào quy định về vấn đề đánh thuế trong TMĐT.