Mặc dù đã đạt được những thành công đáng kể song trên thực tế nguồn bổ sung vốn tài liệu của Thư viện THCS Hồng Thủy hiện nay vẫn còn tồn tại một số vấn đề: Vốn tài liệu của thư viện trường rất đa dạng, phong phú tuy nhiên một số giáo trình đại cương vẫn không phục vụ đủ nhu cầu đông đảo bạn đọc, ví dụ như giáo trình: Toán học, Lịch sử, Hoá học,Vật lý, Tiếng anh,Văn học, Tin học,…
Các sách mang tính chất giải trí như sách văn học còn rất hạn chế và ít được bổ
sung. Mặc dù, sách tham khảo tiếng Việt chiếm số lượng khá lớn nhưng Thư viện vẫn không đáp ứng được nhu cầu bạn đọc vì hầu hết các loại tài liệu này quá lạc hậu, lỗi thời.
Thư viện trường vẫn chưa chủ động trong việc bổ sung vốn tài liệu, số lượng sách bổ sung hàng năm không được thực hiện theo định kỳ nhất định mà nó chỉ được bổ
sung khi có sự giới thiệu danh mục ấn bản phẩm của các Nhà xuất bản và các cơ quan phát hành sách.
Kinh phí phục vụ cho công tác bổ sung vốn tài liệu còn quá eo hẹp và không được giới hạn cố định trong một khoản nhất định cho hoạt động thông tin thư viện trong một năm. Điều này đã gây khó khăn cho công tác bổ sung bởi những tài liệu được bổ sung hầu hết phụ thuộc vào sự xét duyệt của phòng Giáo dục.
Mặc dù đã triển khai hệ thống thư viện điện tử trong hoạt động thông tin nhưng cho đến hiện nay, số lượng máy tính có được còn rất hạn chế chưa đủ để đáp ứng nhu cầu áp dụng tin học hóa vào trong hoạt động thông tin thư viện.