Nước thải sau khi xử lý bằng phương pháp sinh học cịn chứa khoảng 105-106 vi khuẩn trong 1ml. Hầu hết các loại vi khuẩn cĩ trong nước thải khơng phải là vi trùng gây bệnh, nhưng khơng loại trừ khả năng tồn tại một vài lồi vi khuẩn gây bệnh nào trong nước thải ra nguồn cấp nước, hồ bơi, hồ nuơi cá thì khả năng lan truyền bệnh sẽ rất cao, do đĩ phải cĩ biện pháp tiệt trùng nước thải trước khi xả ra nguồn tiếp nhận. Các biện pháp tiệt trùng nước thải phổ biến hiện nay là:
− Dùng Clo hơi qua thiết bị định lượng Clo.
− Dùng Hypoclorit – canxi dạng bột – Ca(ClO)2 – hồ tan trong thùng dung dịch 3 – 5% rồi định lượng vào bể tiếp xúc.
− Dùng Ozon, Ozon được sản xuất từ khơng khí do máy tạo Ozon đặt trong nhà máy xử lý nước thải. Ozon sản xuất ra được dẫn ngay vào bể hồ tan và tiếp xúc.
− Dùng tia cực tiếp (UV) do đèn thủy ngân áp lực thấp sản ra. Đèn phát tia cực tím đặt ngập trong mương cĩ nước thải chảy qua.
Từ trước đến nay, khi tiệt trùng nước thải hay dùng Clo hơi và các hợp chất của Clo vì Clo là hố chất được các ngành cơng nghiệp dùng nhiều, cĩ sẵn trên thị trường, giá thành chấp nhận được, hiệu quả tiệt trùng cao. Nhưng những năm gần đây các nhà khoa học đưa ra khuyến cáo hạn chế dùng Clo để tiệt trùng nước thải vì:
− Lượng Clo dư 0,5mg/l trong nước thải để đảm bảo sự an tồn và ổn định cho quá trình tiệt trùng sẽ gây hại đến cá và các sinh vật nước cĩ ích khác.
− Clo kết hợp với Hydrocacbon thành hợp chất cĩ hại cho mơi trường sống.
Trong quá trình xử lý nước thải, cơng đoạn khử khuẩn thường được đặt ở cuối quá trình, trước khi làm sạch nước triệt để và chuẩn bị đổ ra nguồn